조심 2019관0079 (결정일자 : 2020-09-08)　

[결정요지]
청구법인은 쟁점판매자로부터만 쟁점물품을 구매할 수 있고, 쟁점로열티를 지급하지 아니하는 경우 모든 기술계약이 종료되고 쟁점물품을 구매할 수 있는 자격이 상실되므로 쟁점로열티는 쟁점물품의 거래조건으로 지급된 것으로 보이는 점, 관련 계약상 상표사용을 청구법인의 선택사항으로 규정하고 있어 쟁점로열티가 상표권 사용대가라는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점물품의 과세가격에 쟁점로열티를 가산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없으나 청구법인에게는 세법해석의 의의 등으로 인하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다 할 것이고, 따라서 이 건 가산세 부과처분은 잘못이 있음

[주 문]
1. OO세관장이 2019.3.4. 및 2019.4.12. 청구법인에게 한 부가가치세 OO부과처분 중 가산세 OO부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

2. OO세관장이 2019.5.2. 청구법인에게 한 수정수입세금계산서 발급 신청 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2002.12.3., 2006.2.13., 2007.1.11. 및 2011.3.30. OO와 영상 및 음향 등 관련 특허기술(이하 "쟁점특허기술"이라 한다) 사용계약(이하 "쟁점로열티계약"이라 한다)을 체결하고, 쟁점특허기술의 사용대가로 권리사용료를 지급하여 왔다.

나. 청구법인은 2013.9.2.부터 2018.3.29.까지 OO관계사(이하 "쟁점판매자"라 한다)로부터 수입신고번호 OO외 227건으로 쟁점특허기술이 내장된 IC chip(관세율 0%, 이하 "쟁점물품"이라 한다)을 수입하면서, 쟁점특허권자에게 지급한 권리사용료 OO(이하 "쟁점로열티"라 한다)를 누락한 채 과세가격을 신고하였고, 통관지세관장은 이를 수리하였다.

다. 처분청은 2018.5.20.부터 2018.9.26.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 결과, 쟁점로열티가 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었다고 보아 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여, 2019.3.4. 및 2019.4.12. 청구법인에게 부가가치세 OO및 가산세 OO경정․고지하였다.

라. 청구법인은 2019.4.16. 처분청에 수정수입세금계산서 발급신청을 하였으나, 처분청은 2019.5.2. 이를 거부하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여, 2019.5.31. 심판청구를 각각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련이 없고 거래조건으로 지급된 것이 아니다.
(가) 쟁점특허기술은 셋톱박스(Set-Top-Box)가 위성으로부터 영상 및 음성신호를 수신하여 이를 화면에 보여주거나 컨텐츠에 제한적인 접근을 하도록 하는 등의 기능을 구현하는 기술인데, 쟁점로열티는 쟁점물품이 아닌 해당 특허나 소프트웨어를 사용하기 위한 OO및 상표 사용 등의 대가로, 쟁점로열티계약서상 OO쟁점로열티는 완제품에서 출력되는 채널별(channel output)로 지급하도록 규정하고 있고, OO쟁점로열티 지급대상은 완제품OO인데, IC chip 등 부품은 완제품에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다.
쟁점물품은 셋톱박스 등 방송통신 기자재를 제조하기 위하여 수입되는 IC chip인데, 그 자체만으로는 쟁점로열티계약상 특별한 소프트웨어적 요소가 포함되어 있지 않은 범용 하드웨어이고, 쟁점특허기술은 쟁점물품에 소프트웨어로 탑재되었다가 셋톱박스에 설치되는바, 관련 특허에 대한 지적재산권의 침해가 쟁점물품에서는 성립하지 아니하고, 쟁점물품이 수입된 이후 셋톱박스에 설치된 상태에서만 성립하므로 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련이 없다.
또한, 쟁점판매자는 실제 라이선스를 사용한 양(量)에 비례하여 라이선스 허여 내역이 전자적으로 발행되어 쟁점특허권자에게 보고되고 있다고 설명하고 있는바, 이는 쟁점물품이 수입된 이후 국내에서만 가능하다.
세계관세기구(WCO, World Customs Organization)는 권고의견 4.17에서 프랜차이즈 사업에 사용될 원재료로서 생산․유통․판매되는 수입물품은 전체 사업을 포괄하는 추상적 프랜차이즈 비용(franchise fees)이라는 포괄적 지급 건과는 관련성이 없다는 견해를 표명하였는바, 쟁점특허권자가 국내에서 완제품에 관하여 특허 내지 소프트웨어를 사용하는 대가를 포괄적으로 지급받는 쟁점로열티 또한 쟁점물품과 관련이 없다.

(나) 청구법인은 권리사용료 지급 없이 쟁점판매자로부터 쟁점물품을 수입하고 있고, 쟁점물품의 수출입계약 여부와 연계하여 쟁점특허권자에게 쟁점로열티를 지급하고 있지 않으며, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점로열티는 쟁점물품이 아닌 완제품의 판매량에 따라 산출되므로 쟁점물품의 거래조건으로 지급된 것이 아니다.
처분청은 청구법인이 쟁점로열티를 지급하지 않을 경우 라이선스를 사용하지 못하게 되고, 결국 쟁점물품으로 셋톱박스를 제조 및 가동할 없게 되므로 쟁점로열티가 쟁점물품의 거래조건으로 지급되었다는 의견이나, 이는 쟁점물품이 수입통관된 이후 최종 제품을 어떠한 용도로 활용할 것인지의 문제이지, 쟁점로열티에 대하여 과세할 근거가 되지 못한다.

(2) 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배된다.
OO세관장은 2013년 청구법인에 대하여 관세조사(이하 "선행관세조사"라 한다)를 실시하면서 쟁점로열티계약서 및 권리사용료 지급내역 등 관련 자료를 검토하였음에도 무환수입물품의 저가신고 문제만 지적하였을 뿐, 쟁점판매자로부터 수입하는 IC chip(이하 "선행수입물품"이라 한다)의 과세가격 및 권리사용료의 가산여부에 대하여 아무런 지적도 하지 아니하였고, 청구법인은 OO세관장의 선행관세조사 결과 통지를 신뢰하여 쟁점로열티가 과세대상이 아니라고 보아 이를 신고하지 아니하였다.
처분청은 선행관세조사 결과 통지서상 쟁점로열티계약 및 권리사용료 과세여부에 대한 언급이 없다는 사정만으로 과세관청이 쟁점로열티에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 묵시적 견해표명을 한 것으로 보기 어렵다는 의견이나, 관세조사는 수출입통관 전반에 대한 통합조사를 원칙으로 하고 있고, 청구법인은 선행관세조사 과정에서 OO세관장의 요청에 따라 쟁점로열티계약서 및 추가 자료를 제출하여 쟁점특허권자에게 지급한 권리사용료와 선행수입물품은 독립적인 것임을 소명하였으며, 처분청 관세심사위원회도 쟁점물품에 대한 과세전적부심사 단계에서 OO세관장이 선행관세조사시 쟁점로열티계약서 등을 검토한 사실을 인정하였는바,
OO세관장의 선행관세조사시 및 처분청의 이 건 관세조사시 청구법인이 제출한 자료가 동일하고, 쟁점로열티계약 관련 구조․권리의무․지급액 산정 등에 유의미한 변화가 없으며, 선행관세조사 결과를 번복할 정도의 객관적 증거가 새롭게 발견되지 아니하였음에도, 처분청이 쟁점로열티를 과세대상으로 보아 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 부가가치세 등을 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배된다.

(3) 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다.
관세청 「가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침」(이하 "가산세지침"이라 한다) 제8조 제2항 제3호에서 납세의무자가 과거 과세관청의 처분이나 법원의 판결을 신뢰하고 성실히 이행하였으나 과세관청이 그 해석을 변경한 경우 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유로 보도록 규정하고 있다.
청구법인은 쟁점판매자로부터 IC chip을 수입하기 시작한 이래 동일한 방법으로 과세가격을 산출하여 신고하여 왔으나 세관장으로부터 과세가격의 적정성에 대하여 지적받은 적이 전혀 없었고, 앞서 살펴본 바와 같이 선행관세조사에서도 권리사용료의 가산여부에 대하여 지적받지 아니하였는바, 청구법인은 단순히 선행관세조사 결과 묵시적 비과세 결론을 받은 것에 그친 것이 아니라 OO세관장에게 동일 쟁점과 관련된 자료를 제출하고 적극적으로 소명한 결과 OO세관장으로부터 과세하지 않겠다는 직접적인 판단을 받은 것이므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.
더구나 쟁점물품은 관세율이 0%이고, 청구법인은 쟁점물품을 대부분 수출하였으며, 부가가치세는 매입세액공제를 받을 수 있으므로 청구법인이 쟁점로열티를 신고누락하여 쟁점물품의 과세가격을 실제보다 낮게 신고할 아무런 이유가 없다.

(4) 이 건 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다.
2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 「부가가치세법」 제35조 제2항 제2호에서 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있고, 2018.3.29. 개정된 관세청 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침」(이하 "세금계산서지침"이라 한다) 제12조 제1항에서 수입자가 가산요소의 존재를 인식하는 데 상당한 전문성이 요구되어 통상의 주의의무만으로 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다.
쟁점로열티의 과세여부는 고도의 전문성을 요하는 관세평가분야로서 불복사례가 많고, 관세평가 전문가 사이에서도 이견이 많이 발생하는 사안이며, 청구법인으로서는 선행관세조사 결과를 신뢰하여 과세가격 사전심사나 민원질의 등을 하지 아니하여 통상적인 주의의무만으로는 쟁점물품의 과세가격에 오류가 있다고 인식할 수 없었다.
또한, 조세심판원에서 과거 기업심사 당시 업체의 실제 거래가격을 인정하고 과세가격 자체를 문제 삼지 않은 경우 수정수입세금계산서 발급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단(조심 2015관123, 2016.4.20. 및 2016관164, 2017.3.30.)하였는바, 선행관세조사 결과 청구법인이 쟁점특허권자에게 지급한 권리사용료에 대하여 비과세 결정을 받은 이 건의 경우에도 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다.
한편, 처분청은 청구법인이 수년간 지식재산팀을 운영․관리하여 라이선스 기술 사용계약 등에 대한 전문성을 갖추고 있는 등 쟁점로열티가 과세대상이라는 점을 쉽게 인식할 수 있었다는 의견이나, 청구법인의 지식재산팀은 지식재산권(IP) 분야의 실무에 특화된 부서로 관세평가 분야 등에 대한 이론 및 실무지식이 축적되어 있지 아니하고, 다른 기업들의 로열티 계약․권리사용료 지급내역 및 권리사용료 과세여부 등은 영업기밀로서 청구법인이 확보할 수 없는바, 청구법인에게 쟁점로열티가 과세된다는 점을 예견할 수 있었음에도 가산하지 아니하였다는 귀책이 존재한다고 볼 수도 없다.

나. 처분청 의견
(1) 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었다.
(가) 청구법인이 2007.1.11. OO에서 OO라이선스 제품(예: 셋탑박스)에서 특정 라이선스 기술이 작동하도록 구현하거나 허용하는 IC chip, 이와 유사한 전자기기 또는 소프트웨어 등으로 최종 소비자가 사용가능한 상태가 아닌 것으로 규정하고 있고, OO쟁점특허권자로부터 칩 제조 권한을 허여 받은 공급업체OO만이 생산할 수 있으며, 청구법인은 이러한 권한을 허여 받은 공급업체인 쟁점판매자로부터만 쟁점물품을 수입하여 라이선스 제품을 생산할 수 있도록 규정하고 있다.
청구법인이 2002.12.3. 및 2011.3.30. OO(이하 이들을 합하여 "OO기술계약"이라 한다)에서 라이선스 기술은 쟁점물품OO구현되어 있다고 규정하고 있고, 쟁점물품에 대하여 쟁점로열티를 지급하도록 규정하고 있는바, 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련이 있다.
청구법인은 쟁점판매자와 주고받은 서신을 근거로 쟁점로열티는 별개의 소프트웨어를 사용하기 위한 대가로 쟁점물품과 관련이 없다고 주장하나, 해당 서신에서 쟁점물품에 라이선스 기술이 구현되어 있고, 쟁점특허권자는 라이선스 기술의 사용에 대한 대가가 적정한지 검증하기 위하여 쟁점판매자에게 라이선스 기술 사용량을 확인하도록 하였으며, 쟁점판매자는 청구법인이 쟁점특허권자와 기술계약을 체결하였는지를 확인한 후에 라이선스 기술을 사용할 수 있도록 제한을 풀어주는 용도의 소프트웨어를 제공하고 있다는 내용이 확인된다.
위와 같은 사실은 공정거래위원회가 2015.8.3. OO청구법인 간 거래에 대한 조사결과에서도 확인되는바, OO칩셋에 라이선스 기술을 구현하여 제조할 수 있도록 칩 제조업체(쟁점판매자)와 라이선스 계약을 체결하고, 칩셋을 사용할 수 있도록 최종제품 제조업체(청구법인)와도 라이선스 계약을 체결하는데, 칩셋 라이선스 기술사용에 대한 대가는 칩 제조자가 아닌 최종제품 제조업체로부터 받고 있으며, 그 금액은 최종제품의 수량에 따라 산정하는데, 최종제품 제조업체로부터 보고받은 최종제품 판매 수량과 칩 제조업체가 보고한 칩셋 판매 수량을 비교․검증하여 산정하는 것으로 나타난다.
청구법인은 쟁점물품의 수입통관 이후 생산된 셋톱박스의 수량을 기준으로 쟁점로열티가 산정되므로 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련이 없다고 주장하나, 권리사용료의 과세여부는 수입물품과의 관련성 및 거래조건으로 지급되었는지 여부에 따라 결정하여야 하고, 권리사용료의 산정방식은 수입물품과 로열티의 관련성을 판단하는 기준이 될 수 없으며, 청구주장대로라면 수입물품의 매출액을 기준으로 권리사용료를 지급하는 경우에는 수입물품과 관련이 없다는 것으로 이는 관세평가를 이해하지 못한 억지 주장에 지나지 않는다.
한편, 청구법인은 쟁점로열티가 셋톱박스에 부착되는 상표 사용권의 대가라는 취지로도 주장하나, OO기술계약서에 기재된 OO상표는 우리나라에 등록된 상표가 아닐뿐더러 상표 사용도 의무조항이 아닌 선택조항에 지나지 아니한다.

(나) 대법원에서 권리사용료가 수입물품의 거래조건으로 지급된 경우를 구매자에게 수입물품의 구매선택권이 없는 경우로 판단(대법원 1993.4.27. 선고 91누7958 판결)하였다.
앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점판매자로부터 쟁점물품을 구매하기 위해서는 쟁점로열티계약을 체결하고 쟁점물품에 대하여 쟁점로열티를 지급하여야 하고, 쟁점특허권자가 승인한 권한 있는 공급자OO로부터만 쟁점물품을 구매할 수 있으므로 청구법인에게 구매선택권이 있다고 할 수 없는바, 쟁점로열티는 쟁점물품의 거래조건으로 지급된 것이다.

(2) 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되지 아니한다.
청구법인은 OO세관장의 선행관세조사 결과 통지서에 쟁점로열티에 대한 언급이 없으므로 과세관청이 쟁점로열티가 과세대상이 아니라는 공적 묵시적 견해표명을 하였다고 주장하나, 과거 관세조사 결과에서 어떠한 언급도 없었다는 사실만으로는 과세관청이 과세하지 아니하겠다는 공적 묵시적 견해표명을 한 것으로 보기 어려운바(조심 2015관288, 2016.8.25., 같은 뜻), 선행관세조사 결과 통지서상 쟁점로열티가 과세대상에 해당하지 아니한다는 과세관청의 공적 견해표명이 존재하지 않는 이상, 이 건 처분에 신의성실원칙을 적용할 여지가 없다.

(3) 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
청구법인은 OO세관장이 선행관세조사 당시 청구법인이 쟁점특허권자에게 지급한 권리사용료에 대하여 지적하거나 시정요구를 하지 아니하였으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세 면제사유가 되는 정당한 사유에는 기본적으로 납세자의 고의·과실이나, 법령의 부지 또는 오인은 포함되지 아니하고(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결, 같은 뜻), 조세심판원에서 과거 관세조사 결과에서 어떠한 언급도 없었다는 사실만으로 납세의무자에게 누락신고에 대한 귀책사유가 없다고 보기 어려우므로 가산세 부과처분은 적법하다고 결정(조심 2015관288, 2016.8.25.)한 바 있다.
따라서 쟁점로열티가 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급된 이상, 청구법인이 과세가격을 잘못 신고한 결과로 발생한 누락세액에 대하여 가산세 부과처분은 당연하고, 청구법인이 OO세관장의 선행관세조사 결과 통지내용을 비과세 견해표명으로 자의적으로 잘못 해석하여 쟁점로열티를 신고하지 아니한 것을 두고 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

(4) 이 건 수정수입세금계산서 발급신청 거부처분은 적법․타당하다.
세금계산서지침 제11조에서 관련 법령 등에서 명백히 규정하고 있는 중요한 사항을 위반한 경우, 금액의 크기․성격만으로도 실제와 다르게 신고 되었음을 충분히 의심할 수 있는 경우 등 수입자로서의 주의의무를 현저히 결여한 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 아니할 수 있도록 규정하고 있다.
「관세법」 제30조 및 같은 법 시행령 제19조에서 권리사용료가 수입물품과 관련되고 그 거래조건으로 지급되는 경우에는 과세가격에 가산하도록 규정하고 있고, 쟁점특허권자의 송품장(Invoice)상 쟁점로열티가 "Royalty"로 명확하게 기재되어 있으며, 동종업체는 쟁점특허권자에게 지급하는 권리사용료를 수입물품의 과세가격으로 신고하고 있어 쟁점로열티가 과세대상임을 인식하는 데에 별다른 전문성이 요구되지 않는바, 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 쟁점로열티에 대한 납세신고 의무를 다하는 것에 큰 무리가 없다 할 것임에도 청구법인은 쟁점로열티를 신고누락 하였다.
더구나 청구법인은 수년간 지식재산팀을 운영․관리하여 라이선스 기술 사용계약 등에 대한 전문성을 갖추고 있고, 해당 부서에서 쟁점로열티를 포함한 특허 사용료 지급을 전담하고 있어 쟁점로열티의 신고누락은 단순착오 또는 경미한 과실이라 할 수 없는바, 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 쟁점로열티가 쟁점물품과 관련되고 거래조건으로 지급되었다고 보아 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부
② 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
③ 가산세 부과처분의 당부
④ 수정수입세금계산서 발급신청 거부처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.
(가) 쟁점특허권자가 쟁점판매자에게 쟁점특허기술이 체화된 소프트웨어를 제공하면 쟁점판매자가 이를 쟁점물품에 내장하여 청구법인에게 공급하는데, 쟁점판매자는 쟁점특허권자에게 별도로 권리사용료를 지급하지 아니한다.
청구법인은 쟁점로열티계약에 따라 쟁점특허권자에게 쟁점로열티를 지급하고, 쟁점특허권자로부터 부여받은 ID와 비밀번호로 쟁점특허권자의 엑스트라넷(기업들이 외부 보안을 유지한 상태로 협력업체들과 내부 전산망을 연결한 통신시스템)에 접속하여 쟁점특허권자가 쟁점특허기술이 구현된 IC chip을 제조할 수 있는 권한을 허여한 칩 제조자(쟁점판매자이다) 및 쟁점특허기술이 기재된 목록OO확인한 후, OO기재된 쟁점판매자로부터 쟁점물품을 수입한다.
청구법인은 쟁점물품을 사용하여 셋톱박스를 생산한 후, 쟁점특허권자로부터 셋톱박스의 품질표준 성능을 인증 받고 셋톱박스의 판매수량에 따라 쟁점특허권자에게 쟁점로열티를 지급하는데, 쟁점로열티는 셋톱박스에 포함된 쟁점물품의 수량에 따라 계산된다.

(나) OO표준계약서상 청구법인은 인증 받은 구매자OO인증 받은 공급자OO로부터 특허기술이 체화된 OO구매하여 OO(이하 "완제품"이라 한다)를 제조 및 판매할 수 있는 권한을 부여받고, 이에 대한 대가로 OO권리사용료를 지급하도록 규정하고 있는데, OO완제품 내에서 특허기술을 구현할 수 있도록 의도된 IC 및 이와 유사한 전자부품 등의 형태로, 완성품이나 소비자가 바로 사용할 수 있는 제품이 아니고, 소비자 시장(end-user market)이 아닌 오직 중간시장(intermediate market)에서 공급되는 물품으로 정의하고 있으며, 청구법인의 미지급 및 제3자로부터 OO구매하는 등 계약상 의무사항을 이행하지 아니할 경우 OO체결한 모든 기술계약이 종료되고, 기술계약이 종료될 경우 OO구매할 수 없도록 규정하고 있다.
또한, 표준계약서에서 정확한 로열티의 계산을 위하여 청구법인에게 완제품의 판매량 등 분기 보고서(Quarterly Report)를 제출할 의무를 부여하고 있는데, 보고내용 중에는 완제품에 포함된 OO브랜드․모델․수량 등을 포함하도록 규정하고 있고, 상표권의 사용여부는 청구법인의 선택사항OO으로 규정하고 있다.

(다) OO기술계약들은 허여된 음향 및 영상기술별로 작성되었는데, 2002.12.3.자 DIGITAL AUDIO SYSTEM LICENSE AGREEMENT는 표준계약과 거의 비슷한 형식과 내용(표준계약서상 OO을 "Licensed Device"로 표기하였고, 그 주요내용은 거의 동일하다)으로 체결되었고, 쟁점로열티율은 분기별로 사용․판매․임대되었거나 다른 방법으로 처분된 완제품에 포함된 Licensed Devices의 수량 범위에 따라 개당 일정금액을 지급하도록 규정하고 있다.
＜표1＞ 2002.12.3.자 OO기술계약상 쟁점로열티율
(단위 : USD)

(라) 2007.1.11. 이후에 체결된 OO기술계약들은 허여된 기술목록과 로열티율 등만을 간단히 기재하고 있고, 개별 기술계약서에서 따로 정하지 아니한 사항은 표준계약을 따르도록 하고 있는데, 2011.3.30. 이전 OO기술계약들은 위 ＜표1＞과 같이 분기별 Licensed DevicesOO의 수량 범위에 따라 개당 일정금액의 로열티를 지급하도록 규정하였다가, 2011.3.30.자 SYSTEM LICENSE AGREEMENT에서는 완제품에 결합된 channel output(Device의 종류)별로 Licensed DeviceOO수량을 결정하고, 그 결정된 Licensed DeviceOO수량 범위에 따라 개당 일정금액을 로열티로 지급하도록 규정하였다.
＜표2＞ channel output별 Licensed DevicesOO수량 결정방법
＜표3＞ 2011.3.30.자 OO기술계약상 쟁점로열티율
(단위 : USD)

(마) 청구법인이 2006.2.13. OO제1조에서 OO를 device를 의미한다고 규정하고 있고, "Licensed Products"를 OO등을 의미한다고 규정하고 있으며, 부속서 B에서 최종소비자용 Licensed Product 1개당 OO로열티로 지급하도록 규정하고 있고, device는 최종소비자용 Licensed Product에 포함하지 아니하나, 시스템에 결합할 용도로 최종소비자에게 직접 판매되는 OO로열티 지급대상으로 규정하고 있으며, OO상표를 사용하는 경우에는 로열티 OO할인하도록 규정하고 있다.

(바) OO세관장은 2013.9.25.부터 2013.10.15.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 후, 2014.1.2. 청구법인에게 관세조사 결과를 통지(심사3관-9호)하였는데, 선행관세조사 결과 통지서상 청구법인이 무상으로 수입하였던 견품(Digital Satellite Receiver 등)의 과세가격이 낮게 신고된 것으로 보아 거래가격을 부인하고 「관세법」 제31조에 따라 과세하겠다는 내용은 기재되어 있으나, 쟁점로열티계약과 관련된 내용이나 청구법인이 쟁점특허권자에게 지급한 권리사용료의 과세여부, 쟁점판매자로부터 수입한 선행수입물품의 과세가격과 관련된 내용은 기재되어 있지 않다.

(사) 청구법인이 2013년 선행관세조사시 작성한 OO세관장에게 제출하였던 자료목록 및 청구법인의 담당자 간 주고받은 이메일에서 OO세관장이 청구법인에게 로열티계약서에 대한 설명 요청 및 외환 송금 내역서 등을 요청한 내역이 나타나고, 쟁점물품에 대한 2019.4.8.자 처분청 과세전적부심사 결정문(적부심사 제2018-88호)에서 선행관세조사시 OO세관장이 쟁점로열티계약서를 검토하였다는 취지가 나타난다.

(아) 가산세지침 제8조 제2항 제3호에서 납세의무자가 과거 과세관청의 처분이나 법원의 판결을 신뢰하고 성실히 이행하였으나 과세관청이 그 해석을 변경한 경우에는 가산세 등을 면제할 수 있는 정당한 사유로 볼 수 있도록 규정하고 있다.

(자) 2017.12.19. 법률 제15223호로 「부가가치세법」 제35조 제2항 개정 및 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 같은 법 시행령 제72조 제4항 개정시 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 귀책사유 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급할 수 있도록 개정되었는데,
2018.3.29.자로 개정된 세금계산서지침 제4조 제2항, 제11조 제3항 제4호 및 제12조 제1항 제1호 가목에서 수입자에게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아 가산세를 면제하는 경우 및 수입자가 가산요소의 존재를 인식하는 데 상당한 전문성이 요구되어 가산요소가 과세가격에 누락되었다는 인식이 없는 등 통상의 주의의무만으로 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에는 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 귀책사유 없음을 증명하는 경우로 보아 수정수입세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점로열티가 쟁점물품과 관련이 없고 거래조건으로 지급된 것이 아니라고 주장하나, 쟁점특허기술이 쟁점물품에 체화된 것으로 보이고, 쟁점로열티의 금액 또한 궁극적으로 쟁점물품의 수량에 따라 결정되므로 쟁점로열티는 쟁점물품과 관련된 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점판매자로부터만 쟁점물품을 구매할 수 있고, 쟁점로열티를 지급하지 아니하는 경우 모든 기술계약이 종료되고 쟁점물품을 구매할 수 있는 자격이 상실되므로 쟁점로열티는 쟁점물품의 거래조건으로 지급된 것으로 보이는 점, 관련 계약상 상표사용을 청구법인의 선택사항으로 규정하고 있어 쟁점로열티가 상표권 사용대가라는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점물품의 과세가격에 쟁점로열티를 가산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 2013년 OO세관장의 선행관세조사 결과 통지가 쟁점로열티에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 묵시적 견해표명이라는 취지로 주장하나, 과거 관세조사 등에서 어떠한 지적이 없거나 시정요구 등을 하지 아니하였다고 하여 이를 비과세의 공적 견해표명으로 보기 어려운데(대법원 2002.8.27. 선고 2000두6466 판결, 같은 뜻), OO세관장의 선행관세조사 결과 통지서상 달리 과세관청이 쟁점로열티를 과세하지 않겠다는 비과세 의사를 명시적․묵시적으로 표명한 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 보건대, 처분청은 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 없다는 의견이나, 청구법인은 수년간 동일한 방법으로 과세가격을 신고하여 왔는데, OO세관장이 선행관세조사시 쟁점로열티계약서 등을 검토하였음에도 불구하고 청구법인이 쟁점특허권자에게 지급하였던 권리사용료의 과세여부나 이와 관련하여 선행수입물품의 과세가격에 대하여 특별한 지적은 하지 않은 것으로 보이고, 이러한 사실은 선행관세조사 당시 제출된 자료목록이나 주고받은 이메일 내용은 물론이고 쟁점물품에 대한 과세전적부심사결정서에서도 확인되는 점, 거래구조 및 계약관계의 복잡성 등으로 인하여 특허권과 관련된 권리사용료의 과세여부 판단은 일의적이지 않고 상당한 전문성이 요구되는 경우가 많은데, 이 건 거래 역시 쟁점물품 및 쟁점특허기술이 가진 특수성으로 인하여 과세여부에 대한 판단이 쉽지 않았던 것으로 보이고 그 결과 과세관청의 두 번에 걸친 관세조사의 결과도 정반대로 나온 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인에게는 세법해석의 의의 등으로 인하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다 할 것이고, 따라서 이 건 가산세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 보건대, 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 할 경우 특별한 사정이 없는 한 수정수입세금계산서가 발급되어야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 처분 또한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.