[조심 2019관0041 (결정일자 : 2020-01-14)]

[결정요지]
「관세법」 제90조 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제3항 제1호에서 학술연구용품 관세감면을 받을 수 있는 자를 "연구개발전담부서를 설치하고 있거나 설치를 위한 신고를 한 기업"으로만 규정하고 있을 뿐, 달리 학술연구용품 관세감면 대상물품의 설치 장소 등에 엄격한 제한을 두고 있지 않은 점, 검찰청에서도 청구법인의 부정감면 혐의에 대하여 무혐의 처분한 점 등에 비추어, 쟁점물품이 쟁점설치장소에 설치되었다는 사정 등만으로 처분청이 쟁점물품을 학술연구용품 관세감면 대상 자체가 아니라고 보아 감면된 관세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음

[주 문]
OO이 2019.1.14. 청구법인에게 한 관세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2016.11.17. OO 소재 OO로부터 수입신고번호 OO호로 연삭기OO를 수입하면서, OO에게 「관세법」 제90조 제1항 제4호에 따른 학술연구용품 관세감면(감면율 80%)을 신청하였고, OO은 2016.11.30. 이를 수리하였다.

나. 관세청 OO은 2018.10.16. 처분청에 대하여 '감면 및 세율적용 실태 특정감사'를 실시한 결과, 쟁점물품이 청구법인의 연구개발전담부서로 지정된 장소OO가 아닌, 청구법인의 제2공장 지하 1층OO에 설치 및 사용되고 있으므로 학술연구용품 관세감면 대상이 아닌 것으로 보아, 2018.11.12. 처분청에게 청구법인을 관세포탈 혐의로 고발하는 등의 사후조치를 할 것을 지시하였다.

다. 처분청은 2019.1.11. OO에 청구법인을 부정감면에 의한 관세포탈 혐의로 고발하는 한편, 2019.1.14. 청구법인에게 감면된 관세 OO원, 이에 대한 미납 부가가치세 OO원 및 「관세법」 제42조 제2항에 따른 가산세 OO원 합계 OO원을 경정 고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여, 2019.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점물품은 학술연구용품 관세감면 대상에 해당한다.
(가) 「관세법」 제90조 제1항 제4호에 따른 학술연구용품 관세감면을 받으려는 자는 같은 법 시행규칙 제37조 제3항에서 정한 바와 같이 OO으로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 "기초연구법"이라 한다) 제14조 제1항 제2호에 따른 연구개발전담부서를 설치한 기업으로 확인을 받아야 하는데, 청구법인은 2016.11.11. OO으로부터 연구개발전담부서를 설치한 기업으로 인정받았다.
청구법인은 쟁점물품이 예상보다 커서 당초지정장소에 설치할 수 없게 되자, 쟁점설치장소에 보안시설을 갖추어 설치하기로 하고, 쟁점물품 수입신고시 관세감면신청서상 쟁점물품의 '사용(설치)장소'를 쟁점설치장소로 기재[실제 관세감면신청서상 '사용(설치)장소'는 당초지정장소로 기재되어 있다]하여 감면신청을 하였고, 2016.11.30. OO으로부터 수입신고수리를 받은 후, 2016.12.16. 쟁점설치장소에 쟁점물품의 설치를 완료하였는데, 처분청은 2017.1.12. 청구법인을 방문하여 쟁점설치장소에 쟁점물품이 설치된 사실 및 연구소 명판 등을 모두 확인하고도 아무런 지적을 하지 아니하였다.
한편, 청구법인은 OO 소재 OO로부터 OO 연삭기를 수입하면서 「관세법」 제95조 제1항 제3호에 따른 공장자동화기계 관세감면(감면율 20%)을 받은 후 쟁점설치장소에 설치하였는데, 처분청은 2018.1.11. 청구법인을 방문하여 OO 연삭기의 설치장소를 확인하면서, 쟁점설치장소에 이미 설치되어 있었던 쟁점물품이 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라거나 쟁점물품의 설치장소가 잘못 되었다는 등의 지적을 하지 아니하였다.

(나) 청구법인은 OO이 확인한 연구개발전담부서를 설치한 기업이고, 쟁점물품은 「관세법」 제90조 제1항 제4호에서 정한 산업기술의 연구개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품에 해당하며, 쟁점물품이 실제 연구용으로만 사용된 사실은 처분청도 확인한 사항이다.
더구나 같은 법 시행령 제112조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제2항에서 관세감면신청시 감면을 받고자 하는 자의 주소 및 설치 사용장소 등을 기재하도록 규정하고 있는데, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 관세감면신청서에 쟁점물품의 설치장소를 쟁점설치장소로 기재하여(당초지정장소로 기재한 것을 착오한 것으로 보인다) 관세감면신청을 하였는데, 단지 쟁점물품이 당초지정장소가 아닌 다른 곳에 설치되었다거나 다른 생산용 기계와 함께 위치해 있다는 이유만으로 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라는 처분청 의견은 위법하다.

(2) 설사, 쟁점물품이 학술연구용품 관세감면 대상에 해당하지 않더라도 「관세법」 제42조 제2항에 따른 40%의 신고불성실가산세가 아닌, 같은 조 제1항 제1호에 따른 10%의 신고불성실가산세가 적용되어야 한다.
청구법인은 쟁점물품을 연구개발전담부서의 독립된 공간에 설치하여 연구용으로만 사용하였으므로 쟁점물품 수입신고 당시 부정한 방법을 이용하여 세액을 과소신고한 사실이 없는바, 처분청 의견과 같이 쟁점물품이 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라고 하더라도, 청구법인이 의도적으로 부당하게 세액계산의 기초가 되는 사실을 은폐하거나 가장하여 신고의무를 위반한 사실이 없고, 단지 사후적으로 감면요건이 누락된 사실을 인지하지 못하여 설치장소를 실수한 것일 뿐이므로 쟁점물품에 대한 신고불성실가산세는 「관세법」 제42조 제2항의 40%가 아닌, 같은 조 제1항 제1호의 10%가 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견
(1) 쟁점물품은 학술연구용품 관세감면 대상에 해당하지 아니한다.
(가) 「관세법」 제90조 제1항 제4호에 따른 학술연구용품 관세감면은, ① 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소 등"이라 한다)를 설치한 기업이 ② 같은 법 시행규칙 제37조 제4항 제1호 '별표1'에 게기된 물품을 ③ 산업기술의 연구개발에 사용하기 위해 수입하는 경우이어야 하고, 기초연구법 제14조, 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제2조에서 기업부설연구소 등은 연구전담요원을 확보하고 독립된 연구시설을 갖추도록, 연구개발 활동에 사용하는 기자재는 반드시 기업부설 연구공간에 위치하도록, 연구개발전담부서의 연구전담요원은 해당 기업의 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산 판매 영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸할 수 없도록, 연구개발전담부서의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있어야 하도록 각 규정하고 있다.
청구법인은 인정기관으로부터 연구개발전담부서명을 "OO 기술연구팀"으로, 소재지는 당초지정장소로, 독립공간은 "114㎡"로 인정을 받았는데, 실제 쟁점물품의 설치는 당초지정장소가 아닌 쟁점설치장소에 하였는바, 연구기자재가 연구공간이 아닌 다른 장소에 설치된 사실은 「관세법」 제90조 제1항 제4호에 따른 학술연구용품 관세감면 요건을 충족하지 못한 것이다.
또한, 처분청이 2018.11.29. 청구법인을 방문조사한 결과, 청구법인의 연구전담요원은 당초지정장소가 아닌 4층 사무실에서 기술개발팀 직원과 함께 근무하고 있었고, 연구활동 이외에 생산부서를 대상으로 컨설팅을 하는 등 생산지원활동을 수행하였는바, 이 또한 쟁점물품이 학술연구용품 관세감면 요건을 충족하지 못한 것이다.

(나) 기초연구법 시행령 제2조 제5항에서 연구개발활동을 과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계, 제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정으로 규정하고 있는데, 청구법인은 쟁점물품을 OO 제조공정 중 연삭공정 단계에서 사용하고 있다.
이는 주식회사 OO(이하 "OO"라 한다)가 요구하는 사양(규격)에 합격하기 위한 성능테스트용 OO를 제작하는 과정의 일부이지 새로운 제품을 생산하기 위한 연구개발활동이라 할 수 없고, 쟁점물품의 사용일지상 그 사용목적이 성능 테스트용품 제작 및 테스트 등으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 연구개발일지에도 OO에서 요구하는 성능시험 통과를 위해 OO양산업체와 동일한 수준의 제품제작이 가능한지를 확인하기 위한 시제품을 제작하는 등의 활동이 기록되어 있다.
한편, 청구법인은 쟁점물품 수입 이전에 특허 출원을 하였으므로 쟁점물품과 청구법인이 출원한 특허는 관계가 없고, 청구법인이 출원한 특허공법이 적용된 공정은 '롤링(전조)공정'으로 쟁점물품이 사용되는 '연삭공정'도 아닌 점, 쟁점물품을 사용하여 제작하는 물품도 신규 개발한 물품이 아니라 다른 회사가 생산하고 있는 OO를 단조공정을 거친 원재료를 사용하여 제조하는 점, 청구법인의 홈페이지상 청구법인이 OO를 생산하고 있다고 홍보하고 있고, 쟁점물품에 대한 회계처리를 연구개발비 항목이 아닌 고정자산인 기계장치로 처리한 점 등으로 볼 때, 쟁점물품은 수입신고 당시 학술연구품 관세감면 요건을 충족하지 못한 것이다.

(2) 청구법인이 쟁점물품을 감면용도에 사용할 의사가 없음에도 부당하게 관세감면을 신청하였으므로 「관세법」 제42조 제2항에 따른 가산세 부과처분은 적법 타당하다.
청구법인의 기술연구팀은 기초연구법에서 정한 연구개발활동을 수행하였다고 보기 어렵고, 쟁점물품 또한 연구개발활동에 사용하는 연구 기자재라 할 수 없으며, 연구개발전담부서 내에 쟁점물품을 설치하지도 않았을 뿐만 아니라 연구전담요원인 기술연구팀 소장 OO은 연구개발전담부서 소재지에서 근무하지 아니하고 다른 부서 직원과 함께 근무하고 있었는바, 청구법인은 당초부터 쟁점물품을 연구개발용으로 사용할 의도가 없었다.
따라서 청구법인은 새로운 제품을 개발하기 위한 시제품 제작 등 학술연구개발용으로 쟁점물품을 사용하는 조건으로 관세감면을 받았음에도, 쟁점물품을 OO에 이미 납품하고 있던 동일 형태 OO 제조에 사용하는 등 부정하게 관세감면을 받았으므로 청구법인에게 「관세법」 제42조 제2항에 따른 40%의 신고불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 적법 타당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 쟁점물품이 당초지정장소가 아닌 쟁점설치장소에 설치되었다 하여, 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라고 보아 감면받은 관세 등을 과세한 처분의 당부
② 「관세법」 제42조 제1항 제1호에 따른 10%의 신고불성실가산세가 아닌, 같은 조 제2항에 따른 40%의 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 2016.11.3. 인정기관에 연구개발전담부서 인정 신청을 하였고, 인정기관은 2016.11.11. 청구법인의 기술연구팀을 연구개발전담부서로 인정OO하였는데, 인정통보서상 청구법인의 연구개발전담부서 소재지는OO으로, 전담부서 직원현황은 연구전담요원 1명으로, 건물형태는 "독립공간(소유) 114㎡"로 기재되어 있고, 이 건 심리 당시까지 청구법인의 기술연구팀은 연구개발전담부서의 지위를 유지하고 있는 것으로 나타난다.

(나) 처분청이 제출한 청구법인의 특허 출원정보OO에 따르면, 쟁점물품은 OO 제조공정 중 연삭공정에 사용되는 연삭기이고, 「관세법」 제90조 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제4항 제1호 [별표1] 연번 25에 규정된 관세율표 제8460.21호의 기어 프로파일 연삭이 가능한 연삭기로 나타난다.

(다) 청구법인은 2016.11.17. OO에게 쟁점물품을 수입신고하면서 관세감면을 신청하였는데, 관세감면신청서상 신청인의 주소지 및 '⑮ 사용(설치)장소' 란의 설치장소는 당초지정장소인 OO으로 기재되어 있다.

(라) OO은 2016.11.30. 쟁점물품에 대한 관세감면 승인 및 수입신고를 수리하였고, 처분청은 같은 날 OO으로부터 쟁점물품에 대한 사후관리 업무를 인수받았는데, 쟁점물품이 사후관리 현지확인 대상으로 선별되자, 2017.1.12. 쟁점설치장소를 방문하여 현지확인을 한 후, 사후관리시스템에 "이상없음 사후관리 계속"으로 등재하였다.

(마) 쟁점물품이 쟁점설치장소에 설치되어 있는 사실은 서로 다투지 아니하는데, 처분청의 '관세감면(용도세율)물품 사후관리 내역서'상 쟁점물품의 설치장소는 당초지정장소로 기재되어 있고, 청구법인이 관리하고 있는 '사후관리물품 관리대장'상 설치장소는 쟁점설치장소로 기재된 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2017.11.20. OO으로부터 OO 연삭기에 대하여 공장자동화 감면 승인 및 수입신고수리를 받아 쟁점설치장소에 설치하였고, 처분청은 2018.1.11. 쟁점설치장소를 방문하여 OO 연삭기에 대하여 현지확인을 하였는데, 이때 쟁점설치장소에 설치되어 있었던 쟁점물품의 설치장소의 문제점이나 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라는 지적은 하지 아니하였다.

(사) 관세청장은 2018.11.12. 처분청에게 쟁점물품은 "감면신청서상 설치장소와 다른 곳에 최초 설치하여 현재까지 사용하고 있으며, 또한 동 물품의 부피, 중량 등을 종합적으로 검토할 경우, 동사가 OO로부터 인정받은 연구개발 전담부서(114㎡) 내에 설치하여 사용할 수 없는 물품으로 판단"된다는 이유로 청구법인을 고발의뢰OO하였고, 처분청은 2019.1.11. 검찰청에 청구법인을 「관세법」 제270조 제4항 위반혐의로 불구속 고발송치OO하였으나, 검찰청은 2019.5.15. 청구법인에 대하여 "혐의없음(증거불충분)" 처분을 하였다.

(아) 처분청이 제시한 청구법인의 연구장비 사용일지상 보유부서는 "기술연구팀"으로, 책임자는 OO으로 기재되어 있고, 쟁점물품의 사용내역은 2016.12.8.부터 2018.11.8.까지 12회에 걸쳐 '성능테스트품 제작' 및 '연삭조건 변경 가능 확인 테스트' 등을 한 것으로 기재되어 있다.

(자) 처분청은 청구법인의 기술연구팀이 각 일자별로 작성한 '연구개빌팀 개발 일지'를 제출하였는데, 해당 개발일지에서 2016.12.20. 13개(조건1 2), 2017.3.22. 19개(조건 1 2 3), 2018.5.9. 1개(조건 1), 2018.8.31. 40개(조건 1)의 (시)제품을 제작하고 테스트한 내역이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점물품이 당초지정장소가 아닌 쟁점설치장소에 설치되었고, 쟁점물품이 연구개발용이 아닌 생산용으로 사용되었으므로 학술연구용품 관세감면 대상으로 볼 수 없다는 의견이나,
처분청은 쟁점물품의 수입신고수리 이후 40여일만에 현지확인을 실시하여 쟁점물품이 당초지정장소가 아닌 쟁점설치장소에 설치된 사실을 확인하고도 쟁점물품이 학술연구용품 관세감면 대상이 아니라거나 쟁점물품의 설치장소가 잘못되었다고 지적하는 등의 별도의 조치를 하지 않았던 점, 처분청이 제시한 자료에 따르더라도 쟁점물품은 주로 테스트용 시제품 제작 등에 주로 사용된 것으로 보이고, 달리 청구법인이 쟁점물품을 생산용으로 사용한 사실을 확인할 수 있는 자료는 제출되지 아니한 점, 연구기자재가 연구개발전담부서가 있는 장소에 설치되지 아니한 사정 등은 기초연구법상 연구개발전담부서의 지정 및 유지와 관련된 내용인데, 청구법인은 현재까지 연구개발전담부서의 지위를 유지하고 있는 점, 「관세법」 제90조 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제3항 제1호에서 학술연구용품 관세감면을 받을 수 있는 자를 "연구개발전담부서를 설치하고 있거나 설치를 위한 신고를 한 기업"으로만 규정하고 있을 뿐, 달리 학술연구용품 관세감면 대상물품의 설치 장소 등에 엄격한 제한을 두고 있지 않은 점, 검찰청에서도 청구법인의 부정감면 혐의에 대하여 무혐의 처분한 점 등에 비추어, 쟁점물품이 쟁점설치장소에 설치되었다는 사정 등만으로 처분청이 쟁점물품을 학술연구용품 관세감면 대상 자체가 아니라고 보아 감면된 관세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.