[조심 2017관0163 (결정일자 : 2018-10-17)]

[결정요지]
쟁점물품의 국내반입, 쟁점입주업체 반입 및 제조가공, 쟁점완제품의 수입 및 국내판매 등 전과정에서 소유권이 쟁점입주업체로 이전된 사실이 확인되지 아니하는 점, 쟁점생산계약서상 시설설치, 생산인력제공, 재고관리책임의 주체가 청구법인으로 기재되어 있은 점, 쟁점입주업체가 수출을 주목적으로 하는 제조업종의 사업을 하려는 자로 입주허가를 받지 아니한 점 등에 비추어 자유무역지역 입주기업체 외의 자가 외국물품을 자유무역지역으로 반입하려는 것으로 보아 관세를 과세한 처분은 잘못이 없고, 자유무역지역 반입신고 수리행위는 사실확인에 불과하여 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없음

[주 문]
심판청구를 기각한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2015.5.19.부터 2015.12.2.까지 OO 등(이하 "쟁점수출자"라 한다)으로부터 고세율이 적용되는 OO 등(이하 "쟁점물품"이라 한다)을 구매하여, 수입(사용소비)신고번호 OO 외 25건(이하 "쟁점반입신고"라 한다)으로 경기도 평택시 소재 자유무역지역에 입주한 주식회사 OO(이하 "쟁점입주업체"라 한다)에 반입하면서, OO에게 쟁점입주업체 명의로 "자유무역지역 반입(사용소비)신고"를 하였고, OO은 이를 수리하였다.

나. 청구법인은 쟁점입주업체 공장에서 쟁점물품을 혼합·분쇄·가열 등 단순 가공하여 세율이 낮은 기타 OO 등(이하 "쟁점완제품"이라 한다)을 제조한 다음, OO에게 청구법인 및 제3자 명의로 수입신고하고 쟁점완제품에 해당하는 관세 등을 신고납부하였다.

다. 처분청은 2016.8.9.부터 2016.8.19.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시하여 쟁점물품의 실제 소유권자인 청구법인이 자유무역지역 내에서 쟁점물품을 제조·가공하여 쟁점완제품을 생산한 것을 확인하고, 쟁점물품을 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」(이하 "자유무역지역법"이라 한다) 제29조 제3항 제1호의 '입주기업체 외의 자'가 반입하는 외국물품으로 보아, 「관세법」 제16조 제11호 및 제39조 제1항에 따라 쟁점반입신고 당시 환율과 관세율을 적용하여 2017.3.24. 청구법인에게 관세 OO원을 부과고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점물품은 쟁점입주업체가 자사의 사업목적 달성을 위하여 자유무역지역에 반입한 원재료이므로 반입신고 대상이다.
(가) 청구법인은 쟁점입주업체의 주주로서 쟁점입주업체의 자본이 잠식되자, 주주들이 상호 협의하여 청구법인 등이 쟁점입주업체와 물품공급계약을 체결하고 쟁점입주업체에 원재료를 공급한 후 완제품을 가공하여 수입통관하기로 하였다.
청구법인은 쟁점반입신고 이전에 쟁점입주업체와 물품공급계약(이하 "쟁점공급계약"이라 하고, 그 계약서를 "쟁점공급계약서"라 한다)을 체결하였고, 쟁점입주업체는 자유무역지역법 제29조 제1항에 따라 OO에게 쟁점반입신고를 하고 쟁점물품을 자유무역지역에 반입하였다. 쟁점공급계약은 사실상 양수도계약과 동일함에도 OO은 당초 쟁점공급계약에 따라 쟁점입주업체가 반입하는 물품을 자유무역지역 반입신고 대상으로 인정하여 오다가, 2015년 12월 이후 공급계약서 대신 B/L(Bill of Lading, 선하증권)양수도계약을 요구하여 청구법인과 쟁점입주업체는 쟁점공급계약을 B/L양수도계약으로 대체하였는데, 처분청이 쟁점공급계약에 따른 반입신고분을 자유무역지역법상 '입주기업체 외의 자'가 자유무역지역에 반입한 것이라 하여 관세를 과세하였다.

(나) 자유무역지역은 「관세법」 및 「대외무역법」 등 관계 법률에 따른 특례와 지원을 통하여 자유로운 제조·물류·유통 및 무역활동을 보장하기 위한 지역인바, 자유무역지역제도의 도입취지와 목적은 자유무역지역에 반입하는 물품의 형식상 반입명의자를 고려하지 아니하고 입주기업체의 사업목적을 위해 반입하는 원재료의 관세 등을 유보하였다가, 자유무역지역에서 그 원재료로 가공된 완제품을 관세지역으로 수입할 때 관세 등을 과세하는 것이다. 따라서 자유무역지역에 입주한 업체는 원재료를 직접 외국으로부터 반입하거나, 수입하여 제조·가공하거나, 제3자로부터 임가공을 의뢰받아 제조·가공할 수 있다. 현재 자유무역지역에 입주한 업체 중에는 자동차를 판매하면서 기본정비나 수리 및 세차를 하는 업체도 있다.

(다) 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호에서 입주기업체가 자유무역지역에서 사용 또는 소비하기 위하여 반입하는 외국물품은 관세 등 부과대상으로 규정하고 있으나, 입주기업체가 수입신고하려는 원재료를 제외한 반입 원재료는 관세부과대상에 해당하지 아니한 것으로 규정하고 있다. 처분청 의견대로 쟁점물품을 쟁점입주업체가 반입하는 물품으로 볼 수 없다고 하더라도, 쟁점물품은 쟁점입주업체가 제조·가공할 원재료이므로 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호 나목에 해당하여 제3항에 따른 수입신고 및 관세납부 대상이 아니라 제1항에 따른 반입신고대상이다.

(라) 주무부처인 지식경제부장관(현 산업통상자원부장관)은 자유무역지역으로 반입하는 외국물품의 과세여부 판단 기준은 같은 법 제29조 제3항 제2호 각 목과 사업목적 달성에 필요한 것에 해당되는지 여부이고, 입주기업체가 아닌 자로부터 임차하였다고 하더라도 그 사용자가 입주기업체이고 당해 사업목적 달성에 필요한 것이라면 같은 법 제29조 제1항에 따른 반입신고 대상이라고 유권해석한 바 있다(입지총괄과-624호, 2009.4.15.).

(마) 자유무역지역법 제29조 제3항 제1호에서 '입주기업체 외의 자'가 외국물품을 자유무역지역으로 반입하려는 경우 수입신고를 하고 관세를 납부하도록 규정하고 있으나, '입주기업체 외의 자'가 입주기업체의 사업목적을 위하여 자유무역지역으로 외국물품을 반입하는 경우에 대하여 규정한 내용이 없으므로 이러한 경우에는 그 반입자의 명의에 상관없이 과세보류되어야 한다. 만약, 자유무역지역에 반입하는 물품에 대해 반입자 명의를 기준으로 관세를 부과한다면, 자유무역지역에 입주한 많은 중소기업들이 사업목적을 위하여 수입대행사 명의로 외국물품을 반입할 때에도 관세 등을 부담하여야 하는 불합리한 결과가 되어 자유무역지역 지정 취지에 반한다.

(2) 이 건은 임가공거래이므로 쟁점물품의 소유권 유무와 상관없이 반입신고대상으로 인정되어야 한다.
(가) 청구법인은 2013년 3월(2015.8.1.을 오기한 것으로 보인다) 쟁점입주업체와 임가공계약(이하 "쟁점임가공계약"이라 하고, 그 계약서를 "쟁점임가공계약서"라 한다)을 체결하고 쟁점입주업체에게 쟁점완제품의 임가공을 위탁하였으므로 쟁점물품의 소유권은 청구법인에게 있고, 쟁점입주업체는 청구법인이 위탁한 쟁점물품을 자신의 제조시설에서 자신이 고용한 작업인원을 투입하여 임가공을 하였으며, 자신의 책임 하에 쟁점물품의 재고를 관리하였다.

(나) 처분청은 수원지방검찰청 평택지청(이하 "수원지검"이라 한다)의 공소장(2017형제3848호) 및 쟁점입주업체 OO의 문답서 등을 근거로 청구법인이 쟁점입주업체의 시설을 불법임차하여 쟁점입주업체 내에서 쟁점완제품을 직접 제조·가공하였고, 전기요금·상하수도요금 등 생산에 소요된 비용을 부담하였으며, 쟁점물품의 공급에 대한 대금거래는 전혀 없이 쟁점입주업체에게 단지 kg당 OO원의 수수료만 지급하였다는 의견이다.
그러나, 처분청이 제시한 수원지검의 공소장(2017형제3848호) 및 수원지방법원 평택지원의 판결문(수원지방법원 평택지원 2017.12.20. 선고 2017고정487 판결, 이하 "1심 판결문"이라 한다)상 쟁점입주업체에 무단 입주한 9개 업체(이하 "선행사건 수입자들"이라 한다)에 청구법인은 포함되지 아니하고, 청구법인은 단지 쟁점임가공계약에 따라 쟁점입주업체에게 임가공비를 지급하고 쟁점완제품의 생산을 위탁하였을 뿐 쟁점입주업체에 무단으로 입주한 사실이 없으며, 쟁점입주업체 내에 사업장도 존재하지 아니한다.
청구법인은 직원 및 검사원을 쟁점입주업체에 파견하여 기술지도 및 쟁점완제품 검사를 하고, 임가공 후 수입통관한 쟁점완제품의 판매관리와 경리 등을 담당할 직원을 채용하였으나, 생산직 근로자를 고용한 사실이 없을 뿐만 아니라 쟁점입주업체에 직원을 파견하여 쟁점완제품을 생산한 바도 없다. 청구법인이 쟁점입주업체에게 지급한 금원은 수수료가 아니라 적법한 임가공계약에 따라 지급한 임가공비이다. 쟁점입주업체 OO은 관세조사 당시 임금이 밀려 있었고, 쟁점입주업체의 처우에 불만을 가진 상태에서 처분청 조사요원의 문답서 작성 강요와 유도질문을 받아 사실과 다르게 답변한 과오를 인정하였다.

(다) 처분청은 청구법인이 쟁점입주업체에 무단으로 입주한 OO을 통하여 쟁점완제품을 직접 가공하였고, 청구법인이 쟁점입주업체에게 창고료 및 전기요금·상하수도 요금을 정기적으로 지급하였으므로 청구법인이 쟁점입주업체의 시설을 불법으로 임차하였다는 의견이다. 청구법인의 실제 운영자는 OO이고, OO의 실제 운영자도 OO인 것은 사실이나, OO이 쟁점입주업체를 통하여 가공한 완제품을 최초로 수입통관한 시점은 2016.6.29.인데, 쟁점물품은 2015.5.1.부터 2015.10.20.까지 입항하였으므로 청구법인과 OO은 전혀 무관하다. 청구법인이 쟁점입주업체에게 창고료를 지급한 것은 쟁점완제품의 수입통관한 후 국내판매를 위해 일시적으로 보관한 비용이고, 전기요금·상하수도요금 등은 임가공에 필요한 비용을 지급한 것인바, 청구법인이 이러한 비용을 지급하였다는 사실이 쟁점입주업체의 시설을 임차하였다거나 관세의 과세근거가 될 수 없다.

(라) 처분청은 청구법인이 자유무역지역 입주기업체가 아니고 쟁점입주업체의 시설을 불법으로 임차하여 쟁점완제품을 가공하였으므로 쟁점물품은 수입신고를 하고 관세를 납부하였어야 한다는 의견이다. 그러나, 자유무역지역법 제70조에서 입주기업체의 불법임대 행위에 대하여 처벌규정을 두고 있는바, 쟁점입주업체가 청구인에게 시설을 불법 임대하였는지에 대한 판단은 지유무역지역 관리권자의 소관사항이고, 이에 대한 판단이 있은 후에야 쟁점물품의 불법반출입에 대한 관세징수권을 행사할 수 있다. 그러함에도 이러한 사전절차 없이 처분청이 일방적으로 쟁점입주업체가 청구인에게 쟁점입주업체의 시설을 불법으로 임대하였다고 판단하여 쟁점물품에 대하여 과세한 이 건 처분은 그 근거가 없다.

(마) 자유무역지역법에서 자유무역지역 입주기업체는 본인 소유의 원재료만 제조·가공하여야 한다는 명시적 규정이 없고, 자유무역지역에서 타인의 물건을 반입하여 제조·가공·조립·보수 등의 과정을 거치는 것은 당연하며, 쟁점입주업체 입주허가 당시 허가조건에도 쟁점입주업체 소유의 물품만을 제조·가공하고 타인의 물품을 제조·가공하는 것을 금지하는 조항이 없다. 그러함에도 처분청이 이를 유추·확장 해석하여 쟁점물품에 대하여 관세를 부과한 이 건 처분은 근거과세 원칙 및 조세법률주의 원칙에 어긋난다(대법원 2007.6.28. 선고 2005두13537 판결 등).

(바) 「자유무역지역 반출입물품의 관리에 관한 고시」(이하 "자유무역지역고시"라 한다) 제31조에서 자유무역지역에서 사용할 원재료의 범위에 대해서는 보세공장을 준용하도록 규정하고 있다. 「보세공장운영에 관한 고시」(이하 "보세공장고시"라 한다) 제12조 제3항 제9호에서 "해당 보세공장의 특허 받은 품목의 제조·가공에 소요되는 물품과 동일한 물품으로 위탁가공계약에 의해 보세작업을 위하여 반입되는 타인 소유의 물품"에 대해서도 보세공장제도의 원활한 운영을 위하여 보세공장에 반입할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서 보세공장보다 더 자유로운 경제활동이 보장되는 자유무역지역에서 타인의 물품을 제조·가공한 행위에 대하여 별도의 처벌규정에 따라 처벌함은 별론으로 하고, 적법한 모든 절차를 이행한 쟁점물품에 대하여 처분청이 관세를 과세한 처분은 권한을 남용한 처분이다.

(3) 이 건 부과처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위반하였다.
(가) 자유무역지역법에서 '입주기업체 외의 자'가 외국물품을 자유무역지역으로 반입하는 경우 과세한다는 의미는 같은 법 제1조의 목적과 제2조 제1호의 의미처럼 자유무역지역 및 입주기업체의 사업목적에 적합하지 아니한 물품의 반입에 대하여 과세한다는 의미임에도 단순히 외국물품의 반입자가 입주기업체인지 여부만으로 과세한다면 헌법상 과잉금지원칙이나 조세법률주의에 부합하지 아니한다.

(나) 쟁점입주업체는 2011.5.12. 최초로 자유무역지역에 반입(사용소비)신고를 하고 자유무역지역에서 완제품을 생산한 이래 2012년 12월부터 5개 업체로부터 원재료 반입시 물품공급계약을 근거로 반입신고를 하였고, OO은 반입신고물품의 소유권에 대한 지적이나 다른 행정지도 없이 물품검사를 하고 자유무역지역 반입(사용소비)신고필증을 교부하였다. 청구법인은 2015.4.7.부터 이 건 처분 이전까지 쟁점입주업체와 쟁점공급계약을 체결하고 쟁점입주업체 명의로 반입신고하였다가, OO이 2015.12.23. 쟁점공급계약을 B/L양수도로 전환하라고 하여 현재는 쟁점입주업체와 B/L양수도계약을 체결하여 원재료를 공급하고 있다.

(다) 위와 같이 청구법인 등과 쟁점입주업체는 OO의 자유무역지역 반입(사용소비)신고수리 행위(비과세 견해표명)를 신뢰한 데에 중대한 고의나 과실 등 귀책사유가 없음에도 처분청이 2년이 지난 후 쟁점물품에 대하여 관세를 부과한 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위반한 것이다.

나. 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점물품의 실제 소유권자이고, 자유무역지역 내에서 직접 쟁점물품을 사용하여 쟁점완제품을 제조·가공하였으므로 쟁점물품은 '입주기업체 외의 자'가 외국물품을 자유무역지역으로 반입한 물품에 해당한다.
(가) 청구법인은 쟁점물품이 국내에 도착하면 관세사에게 쟁점공급계약서와 함께 무역서류를 송부하여 수입자를 청구법인으로, 사용소비자를 쟁점입주업체 명의로 반입신고하도록 하고, 쟁점물품을 쟁점입주업체에 반입한 다음 직접 쟁점물품을 가공하여 쟁점완제품을 생산한 후, 쟁점입주업체에게 요청하여 청구법인 및 제3자 명의로 쟁점완제품을 수입신고하고 관세영역으로 수입하였다.
청구법인은 쟁점입주업체와 형식상 쟁점공급계약을 체결하여 쟁점입주업체로 하여금 쟁점반입신고 및 이를 위한 쟁점물품의 전산관리를 하도록 하였으나, 쟁점물품의 평균가격이 kg당 OO원임에도 불구하고 쟁점물품 공급에 대한 대금거래는 전혀 없이 쟁점입주업체에게 kg당 OO원의 수수료만 지급하였을 뿐이고, 실제 재고관리는 청구법인이 직접 수행하였으며, 쟁점완제품도 청구법인이 직접 수입통관하여 쟁점물품에 대한 소유권이 쟁점입주업체에게 양도되지 아니하였다.

(나) 청구법인이 2014.7.20. 쟁점입주업체와 체결한 생산계약서(이하 "쟁점생산계약서"라 한다)에서 확인되는 바와 같이 청구법인은 쟁점입주업체로부터 생산에 필요한 장소와 시설을 임차하여 직접 완제품 제조 작업을 수행하였고, 전기요금·상하수도 요금 등 쟁점완제품 생산과 관련된 모든 비용을 부담하였다. 쟁점입주업체 OO도 2016.8.10. 처분청에 청구법인이 쟁점물품의 수입부터 쟁점완제품 판매시까지 쟁점물품을 실제 소유하였고, 쟁점입주업체는 자유무역지역에서 가공시 형식상 소유를 하였다고 답변하였다. 한편, 수원지검의 공소장에서 청구법인의 실제 운영자인 OO을 포함한 선행사건 수입자들이 쟁점입주업체에 무단으로 입주하여 쟁점입주업체에서 사업을 영위한 사실이 나타난다.

(다) 쟁점입주업체는 자유무역지역 내 장소 및 시설에 대한 임대업만 수행하고 실제로 허가받은 사업을 수행하지 않았고, 청구법인이 쟁점물품의 구매 → 쟁점물품 반입 → 쟁점완제품 제조 → 쟁점완제품 수입신고 및 관세납부 → 쟁점완제품 국내판매에 이르기까지 모든 책임과 비용을 부담하였다. 따라서 쟁점물품은 자유무역지역법 제29조 제3항 제1호에서 규정한 "입주기업체 외의 자가 외국물품을 자유무역지역 안으로 반입하려는 경우"에 해당하므로 쟁점입주업체에 반입시 수입신고를 하고 관세를 납부하여야 한다.

(라) 청구법인은 쟁점물품이 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호 나목의 자유무역지역에서 사용 또는 소비하기 위한 원재료이므로 수입신고 대상이 아니라 반입신고 대상이라고 주장하나, 해당 조항은 입주기업체가 본인 소유의 원재료를 허가받은 사업목적에 맞게 제조·가공할 경우에만 적용될 수 있고, '입주기업체 외의 자'인 청구법인이 본인 소유의 외국물품을 자유무역지역으로 반입한 이 건의 경우는 제3항 제1호를 적용하여 수입신고 및 관세를 납부하여야 한다.
또한, 청구법인은 반입주체를 기준으로 관세를 과세한다면 수입대행사를 통해 반입하는 외국물품도 과세대상이 되므로 자유무역지역법 지정 취지에 반한다고 주장하나, 수입대행거래의 경우 물품의 소유권이 위탁자에게 있으므로 쟁점물품의 소유권이 쟁점입주업체가 아닌 청구법인에게 있는 이 건과 본질적으로 다르다.

(마) 청구법인이 제시한 지식경제부장관의 유권해석 사례는 이 건과 적용법조가 다르다. 청구주장에 따르더라도 쟁점물품은 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호에 따라 판단하여야 하므로 같은 항 제3호의 "사업목적의 달성에 필요한 물품"에 해당되는지 여부를 따질 필요가 없다.

(2) 쟁점임가공계약서의 진위가 의심스럽고, 청구법인이 생산에 필요한 모든 비용을 부담한 이 건은 위탁가공거래로 볼 수 없다.
(가) 청구법인은 쟁점입주업체와 쟁점임가공계약을 체결하였고, 쟁점입주업체는 청구법인으로부터 쟁점물품을 공급받아 자신의 책임 하에 임가공을 수행하였으므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 처분청의 관세조사시 및 쟁점처분시까지 청구법인뿐만 아니라 관련 조사대상자들이 쟁점임가공계약서를 제시하거나 이에 대한 언급이 없었다. 청구법인은 종전 수입대행계약 또는 물품공급계약 등을 주장하다가 과세를 면하기 위하여 사후에 쟁점임가공계약서를 급조한 것으로 보이므로 쟁점임가공계약서의 진위 여부 자체가 의심스럽다.

(나) 청구법인은 수원지검의 공소장상 쟁점입주업체에 무단으로 입주한 선행사건 수입자들에 청구법인이 포함되지 아니하고, 쟁점입주업체의 시설이나 사무실을 임차한 사실이 없으며, 단지 쟁점입주업체에게 임가공을 위탁하였다고 주장한다.
그러나, 청구법인의 실질적인 OO의 명의를 사용하여 청구법인을 실질적으로 운영하여 왔는데, OO은 쟁점입주업체에 무단으로 입주한 OO의 실질적 대표자 및 운영자이기도 하다. 일견 청구주장대로 청구법인이 쟁점입주업체에 입주하지 아니한 것으로 보이나, 쟁점입주업체 OO는 청구법인이 쟁점입주업체에서 쟁점물품을 직접 제조하였다고 진술하였고, 청구법인이 쟁점입주업체에게 정기적으로 창고료, 전기요금 및 상하수도 요금 등을 지급한 점으로 보아 OO의 시설을 이용하여 쟁점물품을 가공하여 수입한 것이다.

(다) 청구법인은 쟁점입주업체 직원의 급여내역, 재고자산수불부 및 임가공비 지급내역 등 엑셀자료를 제시하면서 청구법인이 쟁점물품을 직접 가공한 바 없고 단지 쟁점입주업체에게 쟁점물품의 가공을 위탁하였을 뿐이라고 주장하나, 쟁점입주업체 직원의 급여내역이 쟁점입주업체 직원이 쟁점물품의 임가공업무를 수행하였다는 사실을 특정하는 것은 아니고, OO을 통하여 쟁점물품을 가공하였기 때문에 청구법인의 소속 직원의 파견 내지 고용이 필요치 않았을 뿐이다.
또한, 청구법인이 제시한 재고자산수불부 등 엑셀자료는 쟁점반입신고 및 수입신고를 위한 전산관리에 불과하고 쟁점물품의 실질적인 재고관리는 아니며, 청구법인이 자체 재고관리를 하고 있다는 쟁점입주업체 OO의 진술과 상반되므로 쟁점입주업체가 쟁점물품의 재고관리를 하였다는 청구주장은 신빙성이 없다. 청구법인이 쟁점입주업체에게 지급한 임가공비 내역이라면서 제시한 쟁점입주업체의 계좌입금 내역은 단지 엑셀로 정리된 문서로서 쟁점입주업체 계좌인지 알 수 없고, 입금내역에 "창고료" 또는 OO로만 기재되어 있을 뿐만 아니라 청구법인이 창고료로 지급한 내역도 OO"로만 표기되어 있어 해당 금액이 임가공료인지도 알 수 없다. 청구법인이 쟁점입주업체에게 지급한 창고료는 1심 판결문에서 선행사건 수입자들이 쟁점판매자에게 지급하였다는 1kg당 OO원의 시설이용료로 보인다.

(3) 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되지 아니한다.
(가) 청구법인은 OO의 쟁점반입신고 수리행위를 공적 견해표명이라고 주장하나, 신고납세방식의 관세에 있어 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것은 사실행위에 불과할 뿐 이를 확인적 부과처분으로 볼 수 없다(대법원 1997.7.22. 선고 96누8321 판결). 자유무역지역 반입(사용소비)신고는 과세보류 상태로 자유무역지역에 외국물품을 반입하기 위하여 수입신고 대신 행하는 신고절차로서 형식적인 요건 충족만 심사할 뿐 쟁점물품에 대한 쟁점입주업체와 청구법인 등의 실질 소유관계나 제조 주체 등을 확인하여 반입의 적법성을 판단한 후 반입신고를 수리한 것이 아니므로 OO의 쟁점반입신고수리 행위는 단순한 사실행위로서 공적인 견해표명이라고 할 수 없다.

(나) 일정기간 동안 과세누락이 있었다는 사실만으로는 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 과세관행이 있다고 볼 수 없는바(대법원 1985.5.28. 선고 84누545 판결 등), 처분청이 쟁점물품에 대한 과세자료 파악의 부족이나 부지로 인하여 일정기간 동안(최대 2년 5개월) 단순한 과세누락이 있었다는 사실만으로 조세채권·채무를 소멸시켜서는 안 된다. 더욱이 청구법인 등은 반입신고시 실체와 부합하지 아니하는 형식적 서류를 제출함으로써 과세관청으로 하여금 비과세의 인식을 가지도록 유도하였으므로 이 건 처분은 소급과세금지원칙에도 위배되지 아니한다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 청구법인이 쟁점입주업체 명의로 자유무역지역에 반입(사용소비)신고한 쟁점물품을 자유무역지역 '입주기업체 외의 자'가 반입한 것으로 보아 관세를 과세한 처분의 당부
② 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.
(가) 쟁점입주업체는 2010.11.23. '수출입거래를 주목적으로 하는 도매업종의 사업을 영위하려는 자'의 입주자격으로 경기도 OO 자유무역지역에 입주 허가를 득하였으나 입주허가 신청일 이전 1년 이내의 수출입거래물량이 해당 기간의 총거래물량 100분의 50 이상을 충족하지 못하자, 2011.10.4. 제조업종의 사업을 하려는 외국인투자기업으로 입주자격을 변경하고, 이후 허가사업을 OO 제조 등을 추가하여 경기도지사로부터 변경허가를 받았다.

(나) OO은 2016년 OO으로 기재되어 있다)을 포함한 선행사건 수입자들이 쟁점입주업체에 무단으로 입주하여 쟁점입주업체 내에서 OO 제품 등을 제조·가공한 사실을 확인하고 '입주기업체 외의 자'가 쟁점입주업체에 수입물품을 반입하였다고 보아 OO을 포함한 선행사건 수입자들과 쟁점입주업체를 자유무역지역법 위반혐의로 검찰에 고발하였고, 1심 법원은 이들의 혐의를 모두 유죄로 인정하였다(수원지방법원 평택지원 2017.12.20. 선고 2017고정487 판결).

(다) 1심 판결문에서 OO은 2015년 5월경부터 2016년 12월경까지 쟁점입주업체에서 OO 입주계약을 체결하지 않은 기업체인 OO을 운영하여 사업을 한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2014년경 설립되었다가 2016.11.30. 폐업한 회사이고, 쟁점물품의 B/L상 수하인, 쟁점수출자와 체결한 매매계약서(Sales Contract) 및 송품장(Invoice)상 구매자, 쟁점반입신고서상 수입자는 청구법인으로 기재되어 있다. 쟁점입주업체에서 제조·가공된 쟁점완제품은 대부분 청구법인·OO 명의로 수입통관된 것으로 나타난다.

(마) OO은 2016년 8월 처분청에 청구법인의 실질적 운영자는 본인이고, 쟁점물품의 소유주는 쟁점입주업체이며, 쟁점입주업체가 바쁠 때 청구법인이 추가적으로 직원을 고용하여 쟁점완제품을 가공한다는 취지의 문답서를 제출하였다.

(바) 쟁점생산계약서 제3조 제2항에서 쟁점입주업체가 시설설비를 설치하고 생산을 책임지도록 규정하고 있으나, 제3항에서 청구법인이 설치한 생산설비를 쟁점입주업체 명의로 하도록 규정하고 있으며, 제4항에서 청구법인이 생산인력을 쟁점입주업체에게 제공 및 생산에 소요된 비용을 원가에 산정하여 부담하도록 규정하고 있다. 같은 계약서 제5조에서 쟁점입주업체는 생산량에 소요된 원재료에 최소한의 생산이윤을 남기고 청구법인에게 판매독점권을 주도록 규정하고 있는데, 그 계산방식을 '수입원가 + 생산 제비용 + 최소이윤 kg OO'원으로 규정하고 있고, 청구법인의 최소 판매수량은 판매개시일부터 3월까지는 최소 월 5톤으로 하며, 3월 이후(2015년 11월)부터는 청구법인이 쟁점입주업체에게 월 최소 OO원의 생산이윤을 지불하도록 규정하고 있다.

(사) 쟁점입주업체 OO은 2016.8.10. 처분청에 쟁점물품의 실제 소유주는 청구법인이고, 청구법인의 직원이 쟁점입주업체 직원과 함께 쟁점완제품을 생산하며, 청구법인이 생산비용을 모두 지급한다는 취지의 문답서를 제출하였다. 쟁점입주업체 OO는 처분청에 청구법인이 쟁점물품의 대금·검역비용·전기요금·상하수도요금 지급 및 실질재고를 관리하고, 쟁점입주업체가 쟁점물품 재고 전산관리 및 제품을 생산하며, 청구법인의 제품은 kg당 OO원인데 쟁점입주업체는 kg당 OO원을 청구법인으로부터 지급받는다는 취지의 문답서를 제출하였다. 각 문답서의 말미에 쟁점입주업체의 명판과 직인이 날인되어 있다.

(아) 청구법인은 쟁점입주업체와 쟁점반입신고건별로 쟁점공급계약을 체결하였는데, 쟁점물품에 대한 B/L양수도가 이루어지거나 쟁점입주업체가 청구법인에게 쟁점물품의 대금을 결제한 내역은 확인되지 아니한다.

(자) 청구법인은 심판청구서 및 1차 항변서에서 쟁점공급계약에 따라 청구법인이 쟁점입주업체에게 쟁점물품을 공급하였다고 주장하였다가, 2차 항변시 쟁점임가공계약서를 제출하면서 이 건 거래는 임가공거래이고 쟁점물품의 실제 소유주가 청구법인이라고 주장하였다. 쟁점임가공계약서에서 쟁점물품의 소유주는 청구법인이고 청구법인이 쟁점입주업체에게 쟁점완제품 생산을 임가공한다는 취지와 청구법인이 쟁점입주업체로부터 가공제품의 납입을 받은 경우에는 그 수량에 별도로 정한 가공임을 지급한다는 취지가 기재되어 있고, 쟁점임가공계약서에서 전기요금 및 상하수도요금 등 생산에 필요한 비용을 별도로 지급한다는 내용은 확인되지 아니한다.
(차) 청구법인의 OO은행 출금계좌에서 청구법인이 쟁점입주업체에게 창고료·분담금·전기요금 및 상하수도요금을 지급한 내역이 나타난다. 이에 대해 청구법인은 해당 지급내역은 쟁점입주업체에게 지급한 임가공비라면서 쟁점입주업체가 청구법인으로부터 임가공비를 입금받았다는 엑셀자료를 제시하였는데, 청구법인의 출금계좌에서 창고료·전기요금 및 상하수도요금을 지급한 날짜와 금액 등이 일치함에도 청구법인이 제시한 쟁점입주업체의 입금내역의 '내용' 란에는 "(주)OO"로만 기재된 것으로 나타난다.
(카) 자유무역지역법 제29조 제3항에서 제1호에서 '입주기업체 외의 자'가 외국물품을 자유무역지역 안으로 반입하려는 경우 수입신고를 하고 관세 등을 내도록 규정하고 있고, 제2호에서 입주기업체가 수입신고하려는 원재료를 제외한 원재료는 수입신고 대상에서 제외하도록 규정하고 있다.
자유무역고시 제31조 제1항에서 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호에 따라 수입신고대상에서 제외되는 원재료의 범위를 규정하고 있는데, 자유무역지역법 제10조 제1호의 '수출을 주목적으로 하는 제조업종의 사업을 하려는 자'의 사업인 경우 「관세법」에 따른 보세공장 원재료의 범위를 준용하여 적용하도록 규정하고 있고, 보세공장고시 제12조 제3항 제9호에서 해당 보세공장의 특허 받은 품목의 제조·가공에 소요되는 물품과 동일한 물품으로 위탁가공계약에 의해 보세작업을 위하여 반입되는 타인소유 물품도 보세공장제도의 원활한 운영을 위하여 보세공장에 반입할 수 있도록 규정하고 있으나, 쟁점입주업체가 관리권자로부터 '수출을 주목적으로 하는 제조업종의 사업을 하려는 자'로 입주허가를 받은 내역은 확인되지 아니한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
청구법인은 쟁점입주업체와 물품공급계약을 체결하고 쟁점입주업체가 자신의 사업목적 달성을 위해 쟁점물품을 자유무역지역으로 반입하였다거나, 임가공계약에 따라 쟁점완제품의 제조·가공을 쟁점입주업체에게 위탁하였으므로 쟁점물품은 자유무역지역법 제29조 제3항 제2호 나목의 원재료에 해당하여 관세납부대상이 아니라는 취지로 주장한다.
그러나, 쟁점물품의 해외로부터 국내 반입, 쟁점입주업체로 반입, 자유무역지역 내에서 제조·가공, 쟁점완제품의 관세영역으로의 수입 및 쟁점완제품의 국내판매 등 모든 과정에서 그 소유권이 청구법인으로부터 쟁점입주업체로 이전된 사실이 확인되지 아니하는 점, 쟁점생산계약서상 시설의 설치, 생산인력 제공, 재고관리 책임 및 생산비용의 부담 주체가 청구법인으로 기재되어 있는 점, 청구법인의 출금계좌에서 청구법인이 쟁점입주업체에게 창고료·분담금·전기요금 및 상하수도요금을 지급한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 실제 운영자는 OO의 실제 운영자로 나타나므로 청구법인이 쟁점물품의 자유무역지역으로 반입 및 제조·가공, 쟁점완제품 수입까지 모든 과정에 관여한 것으로 보이는 점, 관세조사시 및 심판청구시 제출되지 아니하였다가 2차 항변시 제출된 쟁점임가공계약서에 전기요금 및 상하수도요금 등 생산비용을 임가공비와 별도로 지급하도록 규정한 내용이 확인되지 아니하는 점, 쟁점물품이 쟁점임가공계약서에 따라 쟁점입주업체에게 반입되었다고 하더라도 쟁점입주업체가 관리권자로부터 수출을 주목적으로 하는 제조업종의 사업을 하려는 자로 입주허가를 받은 내역이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점물품을 '입주기업체 외의 자'가 외국물품을 자유무역지역으로 반입한 것으로 보아 관세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
청구법인은 OO이 2012년 이후 이 건 처분시까지 쟁점입주업체 명의로 자유무역지역 반입(사용소비)신고한 물품에 대하여 소유권에 대한 지적이나 아무런 행정지도 없이 이를 수리하여 왔으므로 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장한다.
그러나, 자유무역지역 반입(사용소비)신고는 과세보류상태로 자유무역지역에 외국물품을 반입하기 위하여 수입신고 대신 행하는 신고절차로 OO의 쟁점반입신고수리 행위는 수입신고수리 행위와 같이 사실확인에 불과하여 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기 어려운 점, OO이 쟁점반입신고 당시 청구법인이 자유무역지역 내에서 쟁점물품을 제조·가공한 사실을 알면서도 이를 수리하였다고 볼 만한 입증자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.