[조심 2018관0042 (결정일자 : 2018-08-29)]

[결정요지]
청구법인은 수입신고 수리일부터 1년이 경과한 후에 협정관세 사후적용을 신청한 점, 협정관세 사후적용 신청기간이 도과된 경우 「관세법」에 따른 경정청구를 적용할 수 없는 점, 청구법인이 공적 견해표명이라고 주장하는 처분청의 행정지도는 제3자에 대한 것일뿐 아니라, 그 존재자체가 불명확하고, 설령 수정신고하라는 행정지도가 있었다고 하더라도 처분청이 그에 반하는 처분을 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문]
심판청구를 기각한다.

[이 유]
1. 처분 개요
가. 청구법인은 2015.6.5. 수입신고번호 OO 외 1건으로 OO(이하 "쟁점물품"이라 한다)를 기본세율 45%를 적용하여 수입통관하였으나, 2017.6.1. 처분청에 2015.6.5. 개정된 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령」(2015.12.15. 대통령령 제26726호로 개정되기 전의 것, 이하 "구 FTA특례법 시행령"이라 한다)의 별표 5[칠레를 원산지로 하는 수입물품에 적용할 협정관세율(제3조 제6항 관련)]에 따라 협정관세율(0%)이 적용된다는 이유로 「관세법」(2015.12.15. 법률 제13548호로 개정되기 전의 것, 이하 "구 관세법"이라 한다) 제38조의3에 따라 기납부한 관세 OO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2017.6.2. 청구법인이 수입신고 수리일부터 1년이 경과된 후에 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(2015.12.29. 법률 제13625호로 개정되기 전의 것, 이하 "구 FTA특례법"이라 한다) 제10조 제3항에 따른 협정관세 사후적용신청을 하였다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.30. 이의신청을 거쳐 2018.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 구 FTA특례법 제10조에 따른 협정관세 사후적용 신청기간 도과를 이유로 이미 존재하던 권리구제수단인 「관세법」 제38조의3 관세경정청구의 기간까지 제한하는 것은 부당하다.
경정청구제도란 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다신고납부한 경우에 이를 시정하거나 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액 등의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 "납세의무자의 이익을 위하여" 그러한 사정을 반영하여 시정하게 하는 법적 장치(헌법재판소 2000.2.24. 선고 97헌마13 판결 등 참조)로써, (시혜적인 제도가 아니라) 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자에게 부여된 필수적이고 본질적인 권리구제수단[헌법재판소 2016.10.27. 2015헌바195, 2016헌바251(병합)]이므로, 법률에 이를 규정함에 있어서는 납세자의 권리행사가 충분히 보장되도록 하여야 한다. 실제로 「관세법」상 경정청구기간 또한 납세자의 권익보호를 강화하기 위하여 과세관청의 부과 제척기간에 맞추어 계속적으로 연장(2년→3년→5년)되었다.
납세자의 신고행위나 과세관청의 과세처분 중 어느 것에 기초하였든 어떠한 조세가 잘못 납부된 경우에는 이를 바로 잡아야 하고, 이때 조세법률관계의 각 당사자에게 부여된 권리행사의 기간에 차이를 두거나 특정 당사자의 권리구제기간을 임의로 단축하는 것은 허용되지 않는다.
구 FTA특례법 제10조 제3항에 협정관세 사후적용 신청제도를 두고 있는데, 이는 어디까지나 간이한 절차로 수입신고 당시에 원산지 증명서의 분실 등으로 협정관세 적용신청을 하지 못한 수입자의 권리를 구제할 수 있도록 하는 FTA특례법 특유의 규정이다.
이를 통해 일반적인 관세 경정청구절차에 비해 보다 신속·간편하게 협정관세율을 적용받아 관세의 환급이 가능하게 됨으로써, 일반국민이 보다 신속하게 권리를 구제받을 수 있게 되는 것인바, FTA특례법상 사후적용 신청제도는 그 본래의 규정취지에 부합되도록, 국민의 권리구제를 보다 넓게 허용하는 방향으로 해석되어야 한다.
청구법인은 이 건 수입신고 당시부터 유효한 원산지 증명서를 갖추었으므로, FTA특례법에 따라 협정관세율 사후적용을 신청할 대상이 아니다. 쟁점물품이 협정관세율 적용의 대상이라는 점은 수입당시부터 명확한 상태였다. 이 건 경정청구권 행사는 수입신고 당시에 잘못 적용된 세율의 오류를 사후적으로 바로잡는 것이므로, FTA특례법상 사후적용 신청 기간의 제한을 받을 필요가 없다.
국세의 경우 '별도의 불복절차가 존재한다는 점'만으로 「국세기본법」상의 통상 경정청구기한이 단축되거나 제한된다고 볼 수 없는데, 관세의 경우에도 마찬가지로 보아야 한다.
그럼에도 불구하고, 국민의 권리보장을 위해 마련된 사후적용 신청기간이 1년으로 제한되어 있다는 점을 들어 「관세법」상 5년 내에는 언제든 가능하였던 경정청구까지도 그와 동일하게 1년 내에 청구하지 않으면 안되는 것으로 해석하는 것은, 위 법령의 근본 취지 및 제도 적용의 선후를 완전히 뒤바꾸어 "권리구제를 위한 조항"을 오히려 "권리제한을 위한 조항"으로 해석하는 것에 불과하다.

FTA특례법 제1조 및 제3조에 따라 FTA특례법은 「관세법」에 우선하여 적용되고 FTA특례법에서 정하지 아니한 사항에 대하여는 「관세법」이 보충적으로 적용되게 된다.
FTA특례법은 세율 적용이 잘못된 경우의 경정청구권에 관하여서는 (협정관세 적용을 신청하였을 것을 그 요건으로 하는) 제9조(구 FTA특례법 제10조 제3항) 외에 달리 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 FTA특례법은 협정관세를 포함한 일반적인 수단으로서의 "관세경정청구"에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 않다 할 것이다.
그렇다면 "「관세법」상의 경정청구권"은 FTA특례법이 적용되는 경우에도 독자적인 불복수단으로 남아있다고 봄이 상당하고, 이러한 해석이 "(경정청구권은) 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자에게 부여된 필수적이고 본질적인 권리구제수단"이라는 위 헌법재판소 결정의 취지에도 부합하는 조화로운 해석이다.
나아가, FTA특례법 제35조는 다음과 같이 '허위 자료 제출 등 일정한 경우'에 세관장으로 하여금 협정관세의 적용을 배제하고 그에 따라 정당세액과의 차액을 부과 및 징수할 수 있도록 하면서 그 제척기간을 5년으로 정하고 있고, 판결·심판청구에 대한 결정 등이 있을 경우에는 이른바 "특례 부과제척기간"도 인정하고 있다.
경정청구권을 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자에게 부여되는 필수적·본질적인 권리라는 견지에서 살피건대, 세관장이 5년 내에(또는 특례부과제척기간 내에) 협정관세의 적용여부를 달리 결정하여 관세를 부과·징수할 수 있는 것에 상응하여, 협정관세의 적용여부를 달리함을 이유로 하는 수입자(납세의무자)의 경정청구권 또한 FTA특례법상 협정관세 적용신청제도와 무관하게 5년 내에 자유롭게 행사가능하다고 해석함이 「관세법」 및 FTA특례법의 체계적·종합적 해석 및 경정청구제도의 본질에 부합한다.
「관세법」은 납세의무자가 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내에 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구하도록 규정하여 그 경정청구의 사유 또는 대상을 "과다 신고납부한 세액"으로만 규정하고 있을 뿐, 그 밖에 FTA특례법이 적용될 경우 달리 경정청구를 제한하거나 또는 배제시키는 아무런 규정을 두고 있지 않다.
처분청은 구 FTA특례법 제10조 제3항에 따라 수입신고 수리일로부터 1년 이내에 협정관세 사후적용 신청을 하여야 함에도 불구하고, 청구법인이 기간 내에 사후적용신청을 하지 않았다는 이유만으로 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 「관세법」 제38조의3 제2항에서 납세의무자에게 5년 동안 경정청구 기간을 인정하고 있는 점을 고려할 때 「관세법」상 인정되는 경정청구기간을 FTA특례법상 사후적용 기간인 1년으로 단축하는 해석으로, "조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니"한다는 대법원 판례(대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결)의 취지에도 반한다.
협정관세 사후적용 신청제도는 현행법상 인정되는 다양한 불복수단 중 하나에 불과할 뿐, "신청기간 도과사실"이 실체적 법률관계를 확정적·형성적으로 달리 변경시킬 수 없다는 것은 "「조세감면규제법」상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라 할 것"이라고 판시한 대법원 판례(대법원 1997.10.24 선고 97누10628 판결), "「조세감면규제법」 제38조 제1항 소정의 산림개발소득에 대한 소득세 등의 면제는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되는 것이고 세액면제신청서를 제출함으로써 면제되는 것이 아니"라고 판시한 대법원 판례(대법원 1986.3.11. 선고 85누695 판결) 등을 통해서 확인할 수 있다.
앞서 살펴본 바와 같이, 「관세법」은 경정청구의 대상을 "과다납부한 세액"으로만 규정하고 있고, 대법원 판례 또한 「조세감면규제법」 등의 감면세율이 문제되는 경우, 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라고 판시한 점 등에 비추어 볼 때, 객관적으로 과다 신고납부한 세액이 존재하는 이상 경정청구 기간 내에는 세액을 경정하거나 환급함이 법리 및 사리에 부합하다.
이 건에서 적어도 2015.6.5. 이후 비특혜기간에 수입되는 OO에 대해서는 협정관세율(0%)이 적용된다는 점 및 청구법인이 쟁점물품에 대한 수입신고시 기본세율을 적용하여 신고납부한 것은 "실체적·객관적으로도 오납에 해당"한다는 점에 관해서는 다툼의 여지가 없으므로, 구체적인 타당성 측면에서도 경정청구를 허용하는 것이 상당하다.

(2) 이 건 경정청구 거부처분은 세법상 신의성실의 원칙에도 위배된다.
「관세법」상 세관공무원은 물품의 검사, 운수기관 등에 대한 조사 및 검사, 장부 또는 자료의 제출요구 등 직원으로 업무를 처리할 수 있는 권한을 가지고 있어 납세자의 권리의무에 직접적으로 영향을 미칠 수 있는 위치에 있고, 세관공무원의 직무수행의 정도 등에 따라 추징 또는 벌칙의 적용 등이 결정되는 경우가 많으므로, 「관세법」은 제6조에 "신의성실" 원칙에 관한 규정을 두어, 공무원의 재량행위에 대하여 일정한 한계를 설정함과 동시에 공무원의 언동을 신뢰한 납세자의 이익을 보호하고 있다.
일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.(대법원 1988.3.8. 선고 87누156 판결, 대법원 2000.8.18. 선고 98두2713 판결 등, 같은 뜻임)
공적인 견해표명은 원칙적으로 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하지만, 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 조직체계에 있어서 담당자의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성 등을 기초로 하여 실질적으로 판단하여야 하는데, 이 건에서 통관지세관장인 처분청은, 비특혜기간 즉, 5월 1일부터 10월 31일까지 수입되는 OO에 대해서는 계절관세율 45%를 적용하는 것이 타당하다고 보아, 수정신고를 하도록 지시하였는바, 관세부과에 관하여 책임있는 세무공무원에 의한 행정지도는 당연히 신뢰할 수밖에 없다고 할 것이므로, 당해 행정지도는 공적인 견해표명에 해당한다.
납세자의 신뢰는 과세관청의 공적 견해에 대한 것이어야 하며, 납세자의 경제적인 행위가 과세관청의 공적인 견해 표명과 상관없이 이루어진 경우에는 신의성실의 원칙이 적용되지 않는다. 이 때 납세자의 경제적 거래행위는 조세의 부과징수와 관련된 세무상의 행위를 포함하는 것인데, 세무상 이익을 기대하는 작위 뿐만 아니라 부작위도 포함한다. 이 건에서 청구법인은 당초 과거 수입신고분에 대하여 협정관세 적용신청 및 경정청구를 계획하였으나, 과세관청의 잘못된 행정지도로 인하여 경정청구 등의 절차를 지연(부작위)하게 되었는바, 처분청의 공적 견해와 청구법인의 신뢰 사이에 인과관계가 인정된다.
신의성실의 원칙은 과세처분이 적법함에도 불구하고 납세자의 신뢰를 보호하여 이를 과세하지 않겠다는 것이므로, 납세자가 사실을 은폐하거나, 허위사실을 신고하는 등의 배신행위에 의하여 과세관청이 공적인 견해표명을 한 경우(대법원 1988.3.8. 선고 87누745 판결 등) 또는 조금만 주의를 기울였더라면 과세관청의 의사표시에 중대한 하자가 있다는 사실을 인식할 수 있었던 경우(대법원 1995.9.29. 선고 95누7376 판결) 등에는 납세자의 신뢰는 보호할 가치가 없다 할 것이나, 이 때 귀책사유가 있는지 여부의 판단은 공적 견해를 표명하는 자의 지위와 그 신빙성의 정도, 견해 표명의 방식, 그 대상이 된 사실의 인정 및 법률 해석의 난이도, 납세자의 경력과 지식 등을 종합하여 판단하여야 한다.
이 건에서 "비특혜기간 동안 국내에 수입되는 OO의 협정관세율 적용 여부"에 대해서는, 세무지도를 한 처분청의 담당직원뿐만 아니라, 상급관청인 관세청, 산업자원부 및 기획재정부 등에서 계속하여 논란이 되었는바, 처분청의 수정신고 지시를 신뢰한 청구법인에게 귀책사유를 인정하기는 어렵다.
신의성실의 원칙이 적용되기 위해 과세관청의 신의성실에 반하는 처분으로 납세자가 불이익을 얻어야 하는데, 여기서 불이익에는 새로운 조세부담의 증가뿐만 아니라 세무행정처분과 관련된 납세자의 경제적 부담, 그리고 권리 또는 이익의 상실이나 제한도 포함된다.
그런데 당초 처분청의 잘못된 행정지도로 청구법인의 경정청구가 지연되었음에도, 처분청은 "수입신고수리일로부터 1년 이내에 협정관세 사후적용 신청이 없었다"는 이유만으로 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 결국 처분청의 잘못된 행정지도 및 이 건 경정거부처분으로 인하여, 청구법인은 과다 신고·납부한 관세를 환급받을 수 있는 기회를 상실하였으므로 청구법인에게 불이익 또한 인정된다.
이상과 같이 ① 처분청의 수정신고 지시라는 공적 견해표명이 존재하고, ② 이러한 수정신고 지시가 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 아무런 귀책사유가 없으며, ③ 청구법인은 이러한 수정신고 지시를 신뢰하여 과거 수입신고분에 대한 경정청구절차를 지연하게 되었을 뿐만 아니라, ④ 처분청의 경정거부처분으로 인하여 결국 원인없이 과다 신고·납부하였던 관세를 환급받을 수 있는 기회를 상실하는 불이익을 입게 되었다고 할 것인바, 처분청의 이 건 경정거부처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법·부당하다.

나. 처분청 의견
(1) 쟁점물품은 한-칠레 FTA 협정관세 적용대상이 아닐 뿐만 아니라, 수입신고수리일부터 1년 이내에서 협정관세 사후적용신청을 하지 아니한 청구법인에게는 구 FTA 특례법 제10조 제4항에 따라 경정청구권이 존재하지 않으므로 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
2004.4.1. 발효된 한-칠레 FTA 제3.4조 제2항에 "부속서 3.4에 규정된 관세철폐계획에 따라 원산지 상품에 대한 관세를 점진적으로 철폐한다."고 규정하고 있고, 부록 2 한국의 관세철폐계획에 "10년 S" 양허유형상품의 경우 "계절에 한정된 10년에 걸친 단계적인 자유화" 상품이라고 규정하고 있다.
한-칠레 FTA 부속서 3.4 관세 철폐 제1절 제4항에 부록 2의 "10년 S"유형으로 기재되어 있는 OO의 경우 "매년 11월 1일부터 다음 해 4월 30일까지"의 기간에 수입되는 경우에만 협정관세가 적용됨을 조건으로 10년에 걸쳐 관세를 철폐한다고 규정하고 있다.
따라서, 쟁점물품은 한-칠레 FTA 부속서 3.4 제1절 제4항 및 부록 2 제1절 및 제3절에 의거 양허유형이 "10년 S"로서 매년 11월 1일부터 다음 해 4월 30일까지 수입되는 경우에 한정하여 협정관세 적용이 가능하다.
한편, 구 FTA특례법 시행령 제3조 제6항은 한-칠레 FTA 제3.4조의 규정에 의거 칠레를 원산지로 하는 수입물품에 대하여 협정관세를 적용할 물품 및 세율 등을 '별표 5'로 규정하고 있는데, 이 시행령이 2015.6.5. 개정되면서 '별표 5'의 제0806.10-1000호 OO에 대하여 기존에 "매년 11월 1부터 다음해 4월 30일까지 수입되는 물품으로 한정한다"고 규정되어 있던 문구가 삭제되었다.
그러나, 구 FTA특례법 시행령 '별표 5'는 한-칠레 FTA 제3.4조의 규정에 근거한 규정이고, 구 FTA특례법 제3조 제2항에 "이 법 또는 「관세법」이 협정과 상충되는 경우에는 협정을 우선하여 적용한다."고 명백히 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 비록 구 FTA특례법 시행령 별표 5의 제0806.10-0000호 OO에 대하여 기존에 "매년 11월 1일부터 다음해 4월 30일까지 수입되는 물품으로 한정한다"라고 규정되어 있던 문구가 삭제되었다 하더라도, 이는 어디까지나 한-칠레 FTA 제3.4조의 규정과 조화롭게 해석되는 한도 내에서 해석이 이루어져야 하는 것이지 협정에 반하는 방향으로 해석되어서는 안 될 것이므로, OO에 협정관세가 적용되는 기간은 여전히 매년 11월 1일부터 4월 30일까지 한정된다고 보아야 한다.

구 FTA특례법 제10조에 따르면 수입신고 수리 전까지 협정관세의 적용을 신청하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있고(제3항), 제3항에 따라 협정관세의 적용을 신청한 수입자가 해당 물품에 대하여 이미 납부한 세액의 경정을 청구할 수 있다(제4항) 하겠다.
쟁점물품은 협정관세 적용 대상기간이 아닌 6월에 수입된 물품이므로 협정관세 적용 대상이 아니고, 청구법인은 협정관세 사후적용 신청기한인 수입신고수리일(2015.6.5.)로부터 1년이 도과된 이후 경정청구(2017.6.1.)하였으므로 구 FTA특례법 제10조 제3항에 의거 협정관세 적용신청이 불가능할 뿐만 아니라, 더욱이 경정청구할 때에 협정관세 적용신청 자체를 하지 않았다.
따라서 구 FTA특례법 제10조 제4항에 따라 "협정관세의 적용을 신청한 수입자"가 경정청구를 제기할 수 있는 자라 할 것인데 청구법인은 이에 해당하지 않으므로 구 FTA특례법 제10조 제4항에 의거 경정청구권이 존재하지 않아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
청구법인은 "협정관세 사후적용 신청제도"는 납세자의 권리구제를 위한 것인 바, 구 FTA 특례법 제10조 협정관세 사후적용 신청기간의 제한을 들어 이미 존재하던 권리구제수단인 「관세법」 제38조의3 "관세경정청구"의 기간까지 제한하는 것은 부당하다는 주장한다.
앞서 살펴보았듯이 구 FTA특례법 제10조 제3항에 의거 수입신고수리일로부터 1년 이내에 협정관세 사후적용 신청이 가능하고, 제4항에 따르면 "제3항에 따라 협정관세의 적용을 신청한 수입자"만이 경정청구를 할 수 있는 것이므로, 수입신고수리일(2015.6.5.)로부터 이미 1년이 도과(2017.6.1.)되어 쟁점물품에 대한 협정관세 사후적용 신청이 불가능하므로 협정관세 사후적용 신청을 하지 않은 청구법인은 구 FTA특례법 제10조 제4항에 의거 경정청구가 불가능하다.
또한 구 FTA특례법 제3조 제1항은 "이 법은 「관세법」에 우선하여 적용한다."고 규정하고 있는 바 이는 한-칠레 FTA 협정세율 적용을 위해서는 「관세법」에 우선하여 FTA특례법을 적용하여야 한다는 것인데, 구 FTA특례법 제10조에서 협정관세 적용신청을 한 수입자만이 경정청구를 할 수 있도록 명백히 규정하고 있으므로 이에 해당하지 않는 청구법인은 경정청구를 할 수 없는 것이다.
설령, 청구주장처럼 관세법에 따른 경정청구가 가능한지 여부를 살펴본다하더라도 구 관세법 제38조의3(수정 및 경정) 제2항은 "납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다."고 규정하고 있는데,
청구법인의 경우 협정관세 사후적용 신청을 하지 않았을 뿐만 아니라 수입신고 수리일로부터 1년이 도과되어 경정청구 하였으므로 쟁점물품에 대한 협정관세 사후적용은 불가능하고, 협정관세가 적용되지 않는 한 쟁점물품에 대하여 "신고납부한 세액"에 "과다"한 세액은 존재하지 않는다 할 것이므로 구 「관세법」 제38조의3 제2항에 따른 경정청구 대상에도 해당되지 않는다.
결국, 쟁점물품은 구 FTA특례법 제10조 뿐만 아니라 구 「관세법」 제38조의3 경정청구 규정에 따르더라도 경정청구 대상에 해당하지 않는다 할 것이므로 처분청이 협정관세 사후적용 신청기한을 이유로 관세경정청구 기한을 제한하고 있다는 청구주장은 이유가 없다.

(2) 이 건 경정청구 거부처분은 세법상 신의성실원칙에 위배되지 않는다.
신의성실원칙이란 조세법규의 집행과정에서 합법성 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법칙이다.
그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙을 적용하기 위해서는, 신의성실원칙의 4가지 조건인 "과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떠한 행동을 하였을 것, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 납세자의 이익이 침해되었을 것"을 모두 충족하여야 한다.
그런데 청구법인이 주장하는 처분청 업무담당자의 수정신고 지시가 실제로 존재하였는지 여부에 대한 사실 확인이 불가능할 뿐만 아니라, 설령 청구법인의 주장처럼 그러한 지시가 있었다고 하더라도 청구법인이 아닌 다른 업체에 대한 안내이므로 청구법인에게는 어떠한 공적인 견해표명도 없었다 할 것이다. 아울러 처분청은 그러한 수정신고지시와 반하는 처분을 한 바도 없고, 나아가 기본세율이 적용되는 쟁점물품에 대하여 청구법인의 이익이 침해된 바도 없으므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분이 신의성실원칙을 위반하였다는 청구주장 또한 이유가 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 비특혜기간(5.1.~10.31.)에 수입된 OO에 대하여 협정관세율을 적용하여 제기한 청구법인의 「관세법」상 경정청구를 수입신고수리일로부터 1년이 경과된 후에 협정관세 사후적용신청이 이루어졌다는 이유로 거부한 처분의 당부
② 신의성실원칙의 위배 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 우리나라와 칠레는 한-칠레 FTA 부속서 3.4에 규정된 "관세철폐계획"에 따라 OO의 경우 발효일인 2004년부터 2014년까지 10년의 기간에 걸쳐 점진적으로 원산지상품에 대한 관세를 철폐하기로 합의하면서, 국내 농가를 보호하기 위해 국내산 OO 비수기인 '매년 11월부터 다음 해 4월까지'(이하 "특혜기간")의 수입물량에 대해서만 인하된 관세율을 적용하고 매년 5월~10월(이하 "비특혜기간")의 OO 수입물량에 대해서는 기본관세율 45%를 적용하기로 하였다.
10년의 관세철폐계획이 끝나는 2014.1.1. 이후에도 OO에 대하여 특혜기간에만 인하된 관세율이 적용되는지에 대하여 한-칠레 FTA에 명시적인 규정이 없고 특혜기간에 대한 FTA 개정사항이 없음에도, FTA특례법은 그 시행령 제3조 제6항 별표 5(칠레를 원산지로 하는 수입물품의 협정관세율)에 따라 한-칠레 FTA의 규정과 같이 "매년 11월 1일부터 다음 해 4월 30일 사이에 수입되는 OO"에만 인하된 관세율을 적용하도록 하다가, 2015.6.5. 아래와 같이 시행령을 개정(협정관세 적용기간에 대한 문구를 삭제, 공포일부터 시행)하여 비특혜기간에 수입된 OO의 관세율도 0%를 적용하도록 규정하였다.


2015.6.5.개정전 FTA특례법 시행령
[별표 5]
0806 포도(신선하거나 건조한 것으로 한정한다)
0806.10-0000 신선한 것
- 매년 11월 1일부터 다음해 4월 30일까지 수입되는 물품으로 한정한다.
0806.20-0000 건조한 것

2015.6.5. 개정후 FTA특례법 시행령
[별표 5]
0806 포도(신선하거나 건조한 것으로 한정한다)
0806.10-0000 신선한 것
(삭제)
0806.20-0000 건조한 것

(2) 청구법인은 2015.6.5. 위 FTA특례법 시행령의 개정에도 불구하고 쟁점물품을 수입하면서 한-칠레 FTA에 따른 협정관세(0%) 적용신청을 하지 아니하고 기본관세율(45%)을 적용하여 수입신고를 하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

(3) 청구법인을 대리하여 수입통관업무를 대행하던 관세법인 OO"를 대리하여 수입신고(수입신고번호 OO에 대하여 협정관세율(0%)를 적용하여 납세신고하였으나, "한-칠레 FTA에 OO에 대한 관세특혜 대우기간이 매년 11월 1일부터 4월 30일까지로 명시되어 있는 이상, 당해 특혜기간 외의 날 즉, 5월 1일부터 10월 31일까지 수입되는 OO에 대해서는 계절관세율 45%를 적용하는 것이 타당하다"는 처분청의 행정지도가 있었다는 이유로 2016.5.12. 기본관세율을 적용하는 내용의 수입·납세신고 정정신청(보정)을 하였다.
주식회사 OO는 위 정정신청이 처분청에 접수된 것을 확인하고 처분청의 승인이 없는 상태에서 부족세액에 대한 납부고지서를 발행하여 2016.5.12. 이를 납부하였고, 처분청은 2017.4.6. 정정(보정)신청을 승인하였으나 관세법인 OO이 2017.5.4. FTA 협정관세 사후적용에 따른 과오납환급신청을 하자 위 정정신청 승인을 취소하고 기 납부세액을 환급조치하였다.

(4) 청구법인은 2017.6.1. 협정관세 사후적용을 신청함과 동시에 아래와 같이 기납부한 관세액 합계 OO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.6.2. "FTA특례법 제10조 제3항에 따라 수입신고 수리일로부터 1년 이내에 협정관세 사후적용 신청을 하여야 함에도 불구하고, 기간 내에 이러한 사후적용 신청이 없었다"는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(5) 청구법인은 2017.8.30. 「관세법」 제132조 제4항 및 같은 법 제128조 제2항에 따라 처분청에 이의신청을 하였으나, 처분청은 2017.10.12. "협정관세 사후적용 신청기간에 대해서는 FTA특례법을 「관세법」상 경정청구기간보다 우선 적용하여야 하고, 처분청 통관담당자의 세액보정지시는 그 존재유무를 확인할 수 없으며 가사 그러한 사실이 있다 하더라도 이를 과세관청의 공적견해표명으로 볼 수 없고, 이에 대한 청구법인의 신뢰에 귀책사유가 있다"는 이유를 들어 청구법인의 이의신청을 기각하는 결정(결정서 도달일 2017.10.24.)을 하였다.

(6) 대통령령 제28836호로 FTA특례법 시행령 제2조 제1항과 관련한 별표1을 개정(2018.4.30.)하여 OO의 경우 2018.5.1.부터 '1월 1일부터 4월 30일까지 및 11월 1일부터 12월 31까지 수입되는 물품'에 한하여 협정관세(0%)를 적용하고, 5월 1일부터 10월 31일까지 수입되는 물품에 대하여는 미양허세율(기본관세율 45%)을 적용하도록 하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
청구법인은 처분청이 구 FTA특례법 제10조에 따른 협정관세 사후적용 신청기간 도과를 이유로 「관세법」 제38조의3 제2항에 정한 기간 이내에 제기된 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하다고 주장한다.
그러나, 청구법인이 수입신고 당시 기본관세율을 적용하여 수입통관한 쟁점물품에 대하여 구 FTA특례법 제10조 제3항에 따라 한-칠레 FTA에 따른 협정관세의 사후적용을 신청할 수 있고, 같은 조 제4항에 따라 쟁점물품에 대하여 이미 납부한 세액의 경정을 청구할 수 있다고 하더라도, 청구법인은 쟁점물품의 수입신고 수리일부터 1년이 경과된 2017.6.1.에야 협정관세 사후적용신청을 한 점,
협정관세 사후적용 신청기간이 도과되어 협정관세 적용을 받을 수 없다면 구 FTA특례법 제10조 제4항 및 「관세법」 제38조의3 제2항에 따른 경정청구를 할 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 수입신고 수리일부터 1년이 경과된 후에 협정관세 사후적용신청이 있었다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
청구법인은 처분청의 잘못된 행정지도로 인하여 경정청구절차를 지연하게 되어 과다납부한 관세를 환급받을 수 있는 기회를 상실하는 불이익을 입게 되었으므로 이 건 처분은 신의성실원칙에도 위배된다고 주장한다.
과세관청의 처분에 대하여 신의성실원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떠한 행동을 하였을 것, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 납세자의 이익이 침해되었을 것이라는 4가지 요건을 충족하여야 할 것(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결, 같은 뜻임)이다.
그러나, 청구법인이 공적인 견해표명이라고 주장하는 처분청의 행정지도는 청구법인이 아닌 제3자에 대한 것으로, 행정지도의 존재 자체가 불명확할 뿐만 아니라 행정지도에 따랐다는 제3자의 보정신청도 11개월이 지난 후에야 승인된 점,
설령 협정관세율이 아닌 기본관세율을 적용하여 수정신고하라는 행정지도가 있었다고 하더라도 처분청은 그 행정지도에 반하는 처분을 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」제131조, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.